银杏（Ginkgo biloba L.）是地球上现存的最古老树种之一，是我国特有的集食用、药用和观赏等多种价值于一体的经济树种。我国拥有全世界的80％以上的银杏资源，近二十年来，银杏产业发展迅速，然而，银杏是单科单属单种的孑遗植物，遗传背景狭窄，优良品种缺乏，选育难度大。而且，银杏童期长达20年，又名公孙树，严重限制了银杏育种的进程，也降低了农民栽培的积极性。另外，虽然银杏常作为庭园、行道树，但由于其外种皮的异味和花粉的飞扬，导致其应用范围也十分有限。因此，银杏优良品种的选育是银杏产业亟待解决的核心问题。缩短银杏的童期，培育早花品种对于银杏的推广种植十分关键。揭示银杏开花调控的分子机理，则是解决这一关键问题的前提条件。鉴定银杏开花调控的关键基因，揭示银杏开花调控的主要分子机制，为选育银杏早花品种提供理论指导。　　1、采用高通量测序技术对银杏3个发育时期（花芽未分化期、花芽分化始期、花芽分化盛期）的样本进行转录组测序，并通过数字表达谱分析筛选与银杏开花调控相关的基因和代谢途径。转录组测序共产生52.34 Gb原始数据，各样品数据量均达到7.13 Gb以上。序列比对发现，银杏基因与裸子植物北美云杉（Picea sitchensis）的同源基因数量最高(10，834，31.14％)，其次是同为孑遗植物的无油樟(Amborella trichopoda)(3，675，10.56％)，再其次是莲(Nelumbonucifera)(2，721，7.82％);注释到8大功能数据库(GO、COG、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG)上的Unigene总数为35，179个，在大部分数据库中注释的Unigenes数量都超过20，000条。Unigene GO数据库比对分析，序列分成分子功能、细胞组分、生物过程3个大类50个小类。其中，代谢过程(7，344条)、催化活性（5，440条）、细胞过程（3，314条）、细胞成分（2，638条）、单一有机体进程（2，570条）等富集程度较高。Unigenes与COG数据库比对并进行直系同源分类，结果显示共分为25个类别，其中R（一般功能预测）包含的基因数最多，有3，356条，L（复制、重组、修复）2，234条、K（转录）1，710条和T（信号转导机制）1，504条等途径数量较多。　　2、银杏转录组差异表达基因分析显示，花芽分化始期vs.花芽未分化期有2，253个基因上调，2，032个基因下调;花芽分化盛期vs.花芽分化始期有1，770个基因上调，1，901个基因下调;花芽分化盛期vs.花芽未分化期有1，865个基因上调，2，042个基因下调。KEGG分析表明，差异表达基因多富集于与花芽分化相关的代谢途径中。发掘出大量与开花相关的基因，并分析其表达模式，筛选出与开花相关的6个候选关键基因:gene.Gb_17618（GI基因）、gene.Gb_19790（FT/TFL1同源基因）、gene.Gb_16301(AG同源基因)、gene.Gb_28337（花发育MADS-box基因）、gene.Gb_41704（CO同源基因）、gene.Gb_01884(SOC1同源基因GbMADS9)。　　3、结合转录组数据库对银杏短枝茎端花芽进行qPCR内参基因选择，为后期的银杏相关基因的表达分析提供一个可靠的均一化标准。采用qPCR技术分析了银杏中6个管家基因18S rRNA（18S核糖体RNA）、Actin-7（肌动蛋白）、β-TUB（β微管蛋白）、DNAJ（DnaJ蛋白）、EF1a（转录延伸因子）、GAPDH（3-磷酸甘油醛脱氢酶）的表达量，再使用geNorm和Norm Fmder软件，对6个候选内参基因在银杏花芽中的表达稳定性进行评价。筛选出表达稳定的GADPH基因作为内参基因。然后，通过qPCR筛选出的内参基因检测6个候选关键基因gene.Gb_17618、gene.Gb_19790、gene.Gb_16301、gene.Gb_28337、gene.Gb_41704、gene.Gb_01884的表达量以验证转录组数据库的正确性，确保分析结果的真实性和准确性。结果显示，定量PCR结果与转录组数据分析结果一致。