如何实现对国有土地上征收活动的有效管理,维护各方利益,是各级政府的一项长期任务。在城市房屋征收管理中,囿于经营性房屋产权与使用权相分离的现实,承租人难免会遭受多方损失,新颁布的《国有土地上房屋征收与补偿条例》并没有就此问题作出明确细致的法律规定。有效因应城市房屋征收中的这一新的困境,从而切实保障承租人的合法权益,需要从多维度展开学术性分析。目前国内学术界对此进行了一些研究,但没有关注到实践中的一些棘手问题。本文采用个案分析、文献资料和实证归纳结合的研究方法,以延安市B区为例,讨论国有土地上房屋征收中经营性房屋承租人的权益保障问题及其成因,并在此基础上提出对策建议。延安市B区的案例分析表明,承租人的权益保障存在两大困境,其一是征收部门直接对房屋承租人进行补偿的困境,其二是房屋承租人直接向征收部门寻求补偿的困境。但两难困境没有折冲承租人权益保障的合法性,它植根于充分的法理依据和城市公共管理的现实政治诉求。对政府监管部门来说,明确承租人的损失构成、补偿标准以及受偿主体等相关问题,是解决承租人权益保障困境的前提。从实践情况分析,通过认定损失构成和对比补偿标准,基本上可以确定,分配好装修设施与搬迁的补偿费,以及停产停业的损失补偿费是处理类似矛盾的枢机。而化解两难困境,更需要从立法、司法以及行政多方采取措施。在立法方面,提高其法律位阶、制定征收法、最高院出台司法解释、完善征收条例、加快地方立法。在司法方面,从将征收合理性纳入司法审查、合同类型化处理、诉前证据保全方面入手保障承租人权益。行政方面主要依靠提升公共管理水平和转变行政部门执政观念。通过全方位的治理,才能达到维护各方利益的基本目标,从而推动政府治理现代化的进程。