近年来,四川省高技术产业持续稳定发展,产业规模不断增长,高技术产业的拉动和支撑作用不断加强。但是,四川省高技术产业发展也存在不足,如研发经费投入分配不均、技术创新效率不高和成果转化不理想等现象。为实现高质量发展,四川在加大高技术产业创新投入的同时,还需要努力提升创新效率,实现科技创新资源的高效利用。因此,测度与比较真实的创新效率水平,找出影响创新效率的关键性因素,是有效提高四川省高技术产业创新效率的主要途径。本文的主要研究对象为四川省高技术产业及子行业,首先对四川省高技术产业及子行业在2007-2016年的创新现状进行描述性统计分析;其次构建一个高技术产业创新效率的过程结构,在此基础上建立追加中间投入和共享投入的两阶段DEA模型,一是从区域角度比较四川省与全国其他省份之间的创新效率,二是分行业比较以及子行业间比较四川省与整体创新效率均值排名全国前五省市的创新效率;然后运用Tobit回归模型对创新效率影响因素进行分析;最后阐述研究结论,提出对策建议。本文的主要研究结论为:（1）通过比较四川省与全国其他省份之间的创新效率得出:四川省高技术产业整体创新效率偏低,考察期内的均值仅为0.516,在全国23个省市中排名18,整体创新效率主要由转化创新效率主导,目前较低的转化创新效率是制约整体创新效率提升的关键。（2）通过分行业比较以及子行业间比较四川省与整体创新效率均值排名全国前五省市的创新效率得出:四川省高技术产业创新效率在医疗仪器设备及仪器仪表制造业最高,且在六个省市中处于领先地位;较低的转化创新效率主要是因为电子及通信设备制造业以及医药制造业的转化创新效率偏低。在三个子行业中,研发创新效率都较高于转化创新效率,两子阶段间协调较差。（3）在技术研发阶段,市场结构、企业规模和劳动者素质对研发创新效率产生显著的正向影响;经济绩效和所有制结构对研发创新效率产生显著的负向影响;政府研发投入对研发创新效率产生负向影响,但该影响并不显著。在生产转化阶段,政府研发投入、所有制结构和企业规模对转化创新效率产生显著的负向影响;市场结构对转化创新效率产生显著的正向影响;经济绩效和劳动者素质对转化创新效率产生负向影响,但该影响并不显著。