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山羊是一种重要的多用途家畜,是一种重要的经济动物,其繁殖力是山羊养殖业的重要环节之一,而繁殖主要受生殖激素调控,卵巢是主要繁殖器官并直接介导排卵及分泌性激素,对山羊的繁殖性能起着关键性作用。近几年,研究者们发现越来越多的lncRNA调控哺乳动物的繁育。作为一种具有编码蛋白质能力的RNA,mRNA在哺乳动物卵巢功能中发挥的作用也越来越受到研究者们的重视。然而很少有人研究山羊卵巢中lncRNA和mRNA对山羊繁育的影响。在本研究中,我们共采集10个山羊卵巢（黄体期卵巢和卵泡期卵巢各5个）,主要采用RNA-seq技术,对黄体期以及卵泡期山羊卵巢进行全集基因组分析,通过共定位和共表达的分析方法,预测lncRNA的靶基因,对其靶基因以及mRNA基因进行GO和KEGG等功能分析,筛选与山羊繁育能力相关的长非编码RNA和mRNA,并研究不同繁殖周期山羊卵巢的转录差异,可以为研究山羊繁育提供理论基础。（1）对采集到的安徽白山羊黄体期和卵泡期卵巢进行RNA-seq。在本次测序中,我们共建立10个文库,黄体期卵巢（LO）和卵泡期卵巢（FO）的文库分别得到106510454、108716574、97775106、104110076、96440340、146672958、145511932、116846442、139588328、101972338条原始测序序列（raw reads）,一共1164144548 raw reads,将接头序列、空读序列及低质量的序列过滤掉后,分别获得104409940、103650760、93334318、99345656、91918954、141469312、140170314、112863548、135618434、99232876条纯净序列（clean reads）,一共101122014112 clean reads。（2）利用CNCI、CPC、Pfam-sca等编码潜能分析软件,鉴定出4926个lncRNA、1454个TUCP以及43766个mRNA用于进一步分析。在黄体期和卵泡期卵巢中筛选出115/22/3770个差异表达的lncRNA/TUCP/mRNA。通过共定位和共表达的分析方法,我们预测lncRNA/TUCP相关的mRNA基因。根据差异lncRNA/TUCP与基因的表达相关性,我们预测到2584/904个相关基因;根据差异lncRNA/TUCP与基因的位置关系,我们预测到326/73个相关基因。（3）在本研究中,我们将上述预测到的所有基因用于GO和KEGG富集分析,分析结果发现:在黄体期山羊卵巢中高表达的lncRNA/TUCP主要与孕激素合成相关,我们筛选出可能调控孕激素合成的lncRNA/TUCP,如lncRNA/TUCP,如XR001918177.1、TUCP001362等;在卵泡期卵巢中高表达的lncRNA/TUCP主要与卵母细胞生长、成熟相关,我们筛选出可能调控卵母细胞生长、成熟的lncRNA/TUCP,如XR001917388.1、TUCP000849等。（4）本研究共鉴定出3770个差异mRNA用于进一步分析,其中1727个mRNA在黄体期卵巢中上调,2043个mRNA在卵泡期卵巢中上调。我们将在这些差异mRNA用于GO和KEGG富集分析,通过功能分析,我们得到一些在黄体期卵巢中高表达的mRNA,如HSD17B7、3BHSD、SRD5A2等可能与孕激素的合成有关;还得到一些在卵泡期卵巢中高表达的mRNA,如RPL12、RPS13、RPL10等与卵子生长及成熟有关。（5）从10个文库中随机选取3个lncRNA以及3个mRNA,以GAPDH作为内参,采用qRT-PCR技术验证RNA-seq的测序结果,结果表明RNA-seq的测序数据可靠。