抗生素耐药性（AMR）在动物和环境中的广泛流行,造成了全球公共安全威胁。本研究为获得青海省鸡源大肠杆菌AMR情况,通过对鸡粪便样品中分离鉴定的大肠杆菌进行抗生素敏感性检测和全基因组测序分析,了解了该地区鸡源大肠杆菌耐药性和其携带的mcr-1基因遗传环境。结果表明:本研究分别从青海省12个养殖户采集的375份鸡粪便样本,共分离鉴定出346株大肠杆菌（92.27%）,其中8株大肠杆菌携带mcr-1。大肠杆菌对氨苄西林、四环素和阿莫西林/克拉维酸的耐药率均在90%以上,其次对环丙沙星、头孢噻肟、头孢噻呋和氟苯尼考的耐药率大于70%,多重耐药（MDR）菌株高达95.66%。共12株大肠杆菌表现出黏菌素耐药,全基因组测序共鉴定出48种抗生素耐药基因和36种毒力因子。耐药基因mcr-1分别位于Inc HI2、Inc I2和Inc Y质粒,mcr-1位于nik A-nik B-mcr-1-pap2基因盒（3株）和pap2-mcr-1-ISApl1结构（1株）中。同时,本研究获得了Inc I2质粒p MCR4D31-3的三代测序质粒图,生物信息分析表明该质粒可能导致mcr-1基因在环境中水平传递和沿食物链扩散风险。综上所述,青海省鸡源大肠杆菌AMR严重并且耐药基因mcr-1已经呈现流行趋势。有必要加强对该地区大肠杆菌耐药性和mcr-1流行性的监测和防控。为探究养殖过程中抗生素对鸡肠道微生物的影响,本实验向饮用水中添加磺胺间甲氧密啶（SMM）检测鸡粪便菌群结构的变化。选取海兰褐鸡260只,随机平均分为两组（A组,饮用水中不添加SMM;B组,饮用水中添加SMM）,饲养5天后采集新鲜粪便。样品采集之后,B组停止添加SMM,继续饲养7天后采集新鲜粪便样品。样品抽提总DNA后,基于16S r RNA的V3～V4可变区在Illumina Mi Seq平台进行高通量测序。结果表明,SMM显著降低了蛋鸡粪便菌群的多样性和丰富度,但乳杆菌属（Lactobacillus）和不动杆菌属（Acinetobacter）的丰度显著（P＜0.05）增加。停止使用SMM一周后,蛋鸡粪便菌群的多样性和丰富度得到恢复,Acinetobacter的丰度显著（P＜0.05）下降。综上所述,饮用水中添加SMM显著改变了蛋鸡粪便菌群结构,停药后,蛋鸡粪便菌群结构可得到恢复。研究结果可为明确抗生素的危害、规范SMM使用等提供参考。在养殖过程中减少抗生素的使用,寻找新的抗生素替代品具有重要意义。β-1,3/1,6-葡聚糖具有提高动物免疫性能等益生作用,与其对宿主肠道菌群结构的影响密切相关。然而,目前β-1,3/1,6-葡聚糖对肉鸡肠道菌群结构的影响研究较少。本实验通过对黄羽肉雏鸡粪便大肠杆菌AMR的监测和16S r RNA测序分析技术,了解鸡群的抗生素耐药情况和β-1,3/1,6-葡聚糖对肠道菌群结构的影响。结果显示,分离的MDR大肠杆菌菌株高达98.41%。在14、21和28日龄的黄羽肉鸡日粮中分别添加0.2%、0.1%和0.1%的β-1,3/1,6-葡聚糖显著改变了肠道细菌菌群结构,Alistipes、Bacteroides和Faecalibacterium等有益菌属的丰度显著升高。值得注意的是,在耐药水平高的鸡群中,β-1,3/1,6-葡聚糖依然显著改善了肉鸡的肠道菌群组成。这为解决目前肉鸡高水平抗生素耐药情况下的疾病防控与治疗提供了新的途径。