藏鸡是我国青藏高原数量最多、范围最广、具有独特群体遗传特性的原始小型地方鸡种。为了保护和开发利用这一稀有而珍贵的种质资源,了解群体(品种间)的真实遗传关系,提供分子遗传基础。通过19对微卫星引物对西藏不同地区的藏鸡群体(拉萨、林芝、山南和日客则)进行遗传多样性分析,统计藏鸡群体多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、F-统计量和群体内遗传距离,并UPGMA构建群体的聚类图,比较藏鸡不同地方鸡群体间的遗传变异。试验结果藏鸡群体共检测到98个等位基因,藏鸡群体多态等位基因数为2～8个,平均等位基因数为3.9个,有效等位基因数在1.3～6.4之间。平均有效等位基因数约为3.9个,微卫星座位均表现为多态,平均多态座位百分率100%,说明藏鸡群体中各微卫星位点等位基因分布比较均匀,藏鸡群体遗传多样性较丰富。对于整个群体,藏鸡群体PIC值分布在0.2232～0.8231之间,H值在0.2568～0.8460之间,PIC和H平均值分别为0.6151和0.6943,说明藏鸡群体的遗传多态性较丰富。在所检测的四个地方群体中,不同地方藏鸡群体单个位点的等位基因数从2～8不等,平均等位基因数为4.6～4.9个,有效等位基因数在1.4～6.8之间。平均有效等位基因数约为3.4～3.9个,个,有效等位基因数在1.3～6.4之间。平均有效等位基因数约为3.9个,所有的群体均显示较高的多态信息含量和杂合度。日喀则藏鸡群体较低,平均PIC和H为0.5980和0.6541,林芝藏鸡较高高,平均PIC和H为0.6330和0.6878。说明藏鸡群体的遗传差异较大、多态性较丰富,变异程度较高。各群体均有较高的遗传多态性和遗传杂合度,哈代温伯格平衡的检测,藏鸡群体大部分微卫星标记均处在不平衡状态。根据遗传距离,进行UPGMA聚类,结果发现拉萨群体和日客群体群体的遗传距离较近,林芝群体则与山南群体之间的遗传距离较近,表明不同地区间藏鸡群体有一定程度的遗传分化。这为进一步对藏鸡群体的保存和利用提供了科学依据。