中国的高山峡谷地区往往是欠发达的、边疆民族地区，经济发展相较于沿海发达农村要滞后许多。发展特色农业是一种差异化战略，因为它利用了当地独特的资源环境，能够在同质的市场中寻求突破，达到迅速提高农民收入的目的。但在这些欠发达的农村地区仍然存在一个亟待解决的问题，那就是单个农户的力量非常薄弱，需要依托农民专业合作社的组织能力和专业能力，形成一个强有力的集体去增强市场竞争力，实现农民增收。本文选择从农产品价值链的角度对高山峡谷区特色农产品的农民专业合作社的功能进行深度地探讨。　　本文首先归纳了国内外关于合作社、价值链和特色农产品的理论与实践，再结合中国的的实际情况对农民专业合作社按牵头人进行分类，并逐一分析各类农民专业合作社的具体功能。本文主体部分则是通过案例分析对高山峡谷区特色农产品专业合作社在价值链中发挥的具体功能做出阐述。怒江是典型的高山峡谷地区，本文分别选取了怒江州两个贫困县的具有代表性的特色农产品合作社，其中泸水县瓦姑茶合作社已具有一定规模，运营体制较为完善;而贡山的独龙牛合作社则是近几年才兴建起来，实体构架和运营还未步入良性轨道。在农产品价值链的基础上，结合成本效益分析和量本利预测，可以了解合作社在价值链中起到的具体作用、作用的大小，以及应该如何去提高自身管理能力，增强合作社的运营功能。　　国内学术界对农民专业合作社的研究成果颇丰，但从农产品价值链的角度去探讨农民专业合作社对促进农民增收，实现最终产品价值最大化的文献仍旧不多。本文特别关注了高山峡谷区的特色农产品，认为通过差异化产品以及提高农民专业合作社的组织管理能力能提升农产品在价值增值环节的增值幅度，同时也需要各级政府加强投入力度，加强对欠发达地区特色农业的资金扶持和政策扶持。本文的研究对促进中国农民专业合作社的发展具有一定的指导意义。