中小股东权益保护是企业自身法人治理亟需破解的重要问题。面对公司内部普遍侵犯中小股东权益的现象，终其合理合法正当利益难以为系。由于在制度层面，保障中小股东的合理诉权难以实现，相比控股股东而言，其占据着大多数的股权比例、支配和强势地位，实质导致中小股东的正当利益无法实现，甚至当受到不法侵害时无法得到复议与解决。随着市场经济的不断发展与完善，中小股东的权益正逐渐地受到社会各方面的关注与舆论的监督，与此同时，这样会及时促成有关部门建立中小股东规章制度的意愿，这会起到约束或施压控股股东与大股东的作用。这样会遏制中小股东所面对的各种潜在威胁和权利、利益过于失衡的状态，最终维护其中小股东合理合法的正当利益。笔者认为，应从立法角度，出台保护中小股东权益的法律制度。一是从源头上保障中小股东权益的现实利益有法可依；二是切实加强与维护中小股东权益合法合理的正当利益与诉求机制；三是排除与阻碍侵害中小股东权益的不法行为；四是中小股东权益面临着被控股股东、董事会、监事会和高级管理人员所采取多种形式与手段的侵权行为。虽然《公司法》对中小股东权益的保护机制与以往相比，有了进一步的完善。然而，保护中小股东权益是需要长期性、持续性和连续性的，所以，这就迫切要求《公司法》及其有关法律法规在制定的过程中，要留有一定的弹性空间，才能更好的保障中小股东的权益。本文在论述中小股东权益保护的应然性基础之上，分析了中小股东保护的章程实现，通过保护中小股东权益的必然性分析、公司章程的本身有限性和股东平等原则的基本限制等内容，对中小股东权益立法体例的完善以及保护和救济的制度设计，构建了我国中小股东权益保护的制度。本文分为四个部分。第一部分为中小股东权益保护的应然性分析，从实现股东的实质平等、中小股东股权分散性和合法权益保护的必要性，以及控股股东股权集中性的滥用来讨论的；第二部分为中小股东权益保护的章程实现，主要是中小股东保护的必要性和意义，对公司章程本身和股东平等原则的基本限制，从而实现形式意义上和实质意义上法律地位的保护；第三部分中小股东的权益保护的立法体例的完善，保护中小股东权益的制度设计、限制大股东权利的制度设计和中小股东合法权益的救济途径；第四部分是中小股东权益保护的制度构建，从实质性、程序性权利保护角度出发，来建立事前机制和事后救济机制。