高等教育经费的有效管理和利用,是提升办学质量和效益,增强高校核心竞争优势的有力保证,是促进高校科学发展的客观要求,亦关系到中国教育改革与发展的成败。对高等教育经费使用效率进行评价研究,并分析高校效率值较低的原因,提出合理化建议,为高校教育经费使用效率的提升提出合理对策,从而促进高校加强对教育经费的管理,为财政、教育等有关部门合理配置教育经费提供参考。本文在明确界定高校教育经费使用效率的基础上,构建了反映高校非营利属性的教育经费使用效率评价指标体系。同时,基于数据包络方法,建立高校教育经费使用效率评价模型,实现对教育经费使用效率的直接测算。结果发现：(1)总体来看,教育部直属重点高校教育经费使用效率整体不高,没有达到理想状态,且部分样本高校DEA效率值过低。表明多数高校存在教育经费管理不善,使用不合理的问题,导致教育经费使用效率偏低。(2)高校教育经费使用效率因地区间经济发展水平不同而存在差异。所处城市综合竞争力越强,教育经费投入水平更高,高校各项产出也有更充足的财力保障,高校教育经费使用效率也越高。(3)高校教育经费使用效率也因学科类型不同而存在差异。综合性大学由于学科类型比较齐全,经费投入力度较大,产出比较全面,其教育经费使用效率高于理工类、农林类等专业性高校。(4)高校教育经费投入总体上得以合理利用,但产出不足现象比较严重,大部分高校在九项产出中都存在着不同程度的产出不足。本文的主要创新点在于：一是加入了社会服务和文化传承创新等体现高校非营利组织特点的指标,解决了以往研究中所选的指标使得评价过程仅注重数量分析,而无法凸显高校社会属性的问题。二是采用层次分析法对定性指标确定权重,进行量化,从而将定性指标纳入到可用于效率评价的指标体系中,解决了以往研究只包含定量指标使得评价结果不够具体全面的问题。