随着高等教育改革的蓬勃发展,我国高等院校办学质量、教育水平、学生规模等均明显提升,高校办学自主权不断加大,从而导致高校出现违法乱纪案件也逐年增加。由于内部控制体系进入我国的时间较晚,最初只是应用于企业管理,内部控制则在事业单位发展起步晚、发展慢。我国高等学校大多数属于事业单位,但是现阶段,我国并未建立起完善的关于高等院校的内部控制研究体系,而此时现行的管理模式已经难以适应新的发展需求。为了充分执行国家有关政策的规定,规范高等院校经济业务活动的开展,提升高等院校财政拨款资金的利用率,促使高等院校各项业务合法合规,有效预防和把控风险,杜绝高校腐败案件,明确划分岗位职责、合理把控权利行使,促使高校管理能力显著提升,必须探究构建与我国高等事业发展趋势相适应、符合国家教育规定、切合国内高校实际的内部控制体系。本文依据教育部发布《教育部直属高校经济活动内部控制指南（试行）》等相关管理规范文件,首先阐述了内部控制的概念界定、高等学校内部控制的目标、特殊性和理论基础;其次以J高校为例,对其当前的内部控制实际情况予以介绍,指出其内部控制存在的问题,主要为:内部控制环境有待完善;风险评估方式不科学;控制活动有待加强;内部监督力度不强;信息与沟通存在问题。最后结合上述问题,为该高校提出了科学可行的措施建议,如:优化改造内部控制环境;构建科学的风险评估体系;加强内部控制业务活动;强化内部控制监督力度;完善信息传递机制,推行信息化管理,以帮助提升高校管理能力,进而提升我国高等教育质量。