禽副黏病毒（Avian paramyxoviruses）,是一种广泛存在于各种鸟类中的病毒。禽副黏病毒是感染全球鸟类的重要病原之一,在全球范围内对家禽养殖业都造成过巨大的经济损失。其中研究最为广泛的是新城疫病毒（APMV-1）,而对于其他血清型病毒的相关研究十分有限。禽副黏病毒,属于副黏毒科（Paramyxoviridae）腮腺炎病毒亚科（Avulaviruses）。根据最新的病毒学分类,禽副黏病毒现被划分为三个种属,分别是偏肺炎病毒属（Metaavulavirus）（APMV-2,5,-6,-7,-8,-10,-11,-14,-15,-20,-21）,正肺炎病毒属（Orthoavulavirus）（APMV-1,-9,-12,-13,-16,-17,-18,）,以及副肺炎病毒属（Paraavulavirus）（APMV-3,-4）。新型病毒的不断出现以及原有血清型病毒的变异,提示我们应加强对于禽副黏病毒在野鸟以及家禽中的监测力度。我国目前尚未建立完善的禽副黏病毒监测体系,有限的分析流行病学数据只能从零散的报道中获取,成为阻碍我国禽副黏病毒病防控工作的瓶颈之一。因此,在我国建立一个完善的禽副黏病毒监测网络对于疫病的防控及预警至关重要。迁徙候鸟被认为是禽副黏病毒天然的贮存库和遗传多样性的基因库。许多迁徙候鸟感染后通常不发病,通过迁徙的方式将禽副黏病毒传播扩散至其他地区,在传播过程中,病毒基因组发生突变的概率大大增加,可能使病毒发生变异,产生新的高致病性毒株。因此,候鸟对禽副黏病毒的持续存在、进化和不断传播具有重要作用。通过对候鸟禽副黏病毒的主动监测,了解掌握候鸟携带禽副黏病毒的情况及其遗传变异规律,继而阐明候鸟与禽副黏病毒的分布关系,可对病毒的跨境传播及扩散进行预警指示,为禽副黏病毒病的预警、防控提供科学的依据,意义重大。为此,本研究开展了如下研究内容:一、2014年至2020年,我们在全国范围内设立了10个监测点,共采集野鸟及家禽样品11041份,分离到118株APMV,病毒分离率为1.08%。经过RTPCR鉴定,其中有7株为APMV-13,病毒分离率为0.063%,这是在我国境内首次分离获得APMV-13型毒株,并且所有毒株全部来自于雁形目鸟类。二、高通量测序结果显示APMV-13/Wild goose/China/Hubei/2015/V93-1,基因组全长为16158nt,GC含量42.6%。在已公布的APMV-13毒株中,我国分离的13型毒株序列最长。三、序列比对结果分析显示,我国的13型分离毒株在HN蛋白以及5’末端存在基因变异。遗传进化分析结果显示,中国的13型分离毒株与哈萨克斯坦分离株具有很近的遗传关系,且同源性较高。四、在遗传进化分析的基础上,对分离毒株进行遗传学特征分析。结果显示,APMV-12与APMV-13具有共同祖先,HN、F基因最近共同祖先起源年代分别为1950.8年、1964.5年。进化速率分别为4.5x10-3 s/s/y和1.314 x10-3 s/s/y。谱系地理发生学分析的结果显示,通过软件计算推测出APMV-13传播事件为哈萨克斯坦→中国,遗传进化分析结果显示,哈萨克斯坦的13型毒株早于本研究中中国分离的13型毒株,这与推测的发生事件基本一致。但是由于中国周边国家缺少禽副黏病毒早期监测数据,因此其他的病原传播路线尚不清楚。这仍需要进一步的系统监测,以此来获得数据进行分析。五、家禽感染APMV-13后,在家禽的肺脏内可一直检测到病毒,且病毒在不同宿主体内的组织嗜性存在差异,在感染后鸽子的脑组织中检测到了病毒。以上研究结果表明,病毒感染宿主后可在宿主体内进行复制增殖,致病力较低,且病毒不能在家禽间发生直接接触传播和空气传播,流行风险较低。但鸽子对APMV-13病毒的易感性较强,为避免对养殖业造成经济损失,应引起重视。本研究对途经我国境内候鸟的迁徙路线、生活习性等因素进行研究分析,在不同地区设立了候鸟及家禽的监测点,构建了一个多角度、全方位的禽副黏病毒动态监测网络,从而初步掌握禽副黏病毒在我国的流行分布情况。通过高通量测序等相应技术手段,对病原的基因组结构进行了全面的分析,明确了病毒基因的相关位点是否发生变异,以及是否存在病毒毒力发生变化的潜在风险。通过对病毒起源及传播事件的预测,推测出在我国境内出现的新发禽副黏病毒血清13型的可能来源,这些研究结果为我国应对禽副黏病毒的跨境传播及新型病毒的输入提供了新的指导思路及应对策略,具有重要的示范作用。