金融业是现代社会经济的核心，而商业银行是金融业的主要组成部分，它在现代社会中的角色越来越重要。商业银行是以盈利为目的的企业法人，它既有一般企业的特征，又区别于一般企业，因为它提供的是特殊的商品货币，这一特殊性决定了它是一个高风险的行业。由于中小商业银行内部控制机制与经营绩效目标之间往往存在着矛盾，由这一矛盾所产生的经营风险隐患也是不容忽视的。以商业银行为主体的金融系统是现代经济社会的依靠与底蕴，如若商业银行发生风险，其危害可能涉及一个国家甚至是全球的经济。由此可见完善商业银行内部控制建设的重要性。充分协调内部控制与经营绩效目标实现的关系，就显得十分重要。本文基于黑箱子理论，以激励机制为视角，提出反映中小商业银行内部控制与经营绩效目标实现协调结果的二维空间理论假说，从理论角度对商业银行内部控制机制和经营绩效目标实现程度的协调性进行假设分析，并针对相关假设进行实证检验，实证分析过程运用了2011-2012年我国具有代表性的10中小商业银行的公开年报数据。根据相关数据检验得出：目前我国中小商业银行内部控制与经营绩效目标的协调性还有待提高，激励机制的设置仍欠缺科学性。其根本原因是，现有激励机制刺激下使得经营理念出现偏差，即经营发展优秀，内部控制与风险管理让位。为了克服这一问题，本文提出，应当科学把握内部控制与经营绩效目标实现的协调关系、培育内控合规文化、完善内部控制体系、健全激励机制，增强内控约束。