本研究首次利用焦磷酸高通量测序的方法对巴丹吉林沙漠天然盐碱湖泊水体中的细菌、古菌和真菌的群落结构及多样性进行了初步研究。对于丰富湖泊微生物多样性及其功能具有一定的理论意义,也为开发极端环境中的微生物资源提供基础依据。本文通过多样性指数以及群落结构特征,结合湖泊盐度进行分析得到以下结果：(1)该地区细菌多样性高于古菌和真菌,真菌多样性最低。(2)9个沙漠湖泊样品中共获得453137条有效序列,每份样品平均序列量为50348条。其中细菌有9个门,优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和蓝藻门(Chloroplast)。细菌11个菌属,其中包含了60%-70%的序列未被归入任何菌属,说明水体中许多未知的微生物可以通过焦磷酸测序来检测。多样性指数分析显示淡水湖泊细菌多样性最高,极端高盐环境的细菌优势种更加突出,而随着盐度的增加已知种类数减少,未知种类数有所增加。(3)对研究样区古菌群落多样性的研究结果显示：9个盐湖样品中共获得292217条有效序列,平均每个样品32468条。古菌共有11个门,其中广古菌门(Euryarchaeota)占优势。获得古菌11个属中,优势菌属是盐红菌属(Halorubrum)和(Natronomonas),并且都具有嗜盐特性。随着盐度的增加古菌群落的多样性随之降低,而且较高的盐度会导致某些种群的消失。并且低盐度的湖泊样品表现出比高盐度样品较高的种群多样性,中等盐度的湖泊具有相似的古菌属。(4)该区域真菌群落研究结果显示在8个样品中获得有效序列638181条,平均每个样品79772条。分类得到真菌有10个门,9个真菌属,其中未知的门和属占优势。多样性分析显示极端环境的样品呈现相似的群落结构,中等盐度的湖泊表现了较高的物种丰富度和物种多样性。