定向增发作为一种上市公司股权再融资的方式，在发挥证券市场资源优化配置上起到了重要的作用。在国外成熟资本市场上，定向增发作为一种“闪电配售”融资方式被上市公司广泛使用，但由于定向增发过程中，大股东和上市公司之间关联交易的不独立性，以及上市公司盈余管理的抑制，使得大股东存在通过高估资产评估价格来增加额外收益，侵害中小股东利益行为，加之我国资产评估机构法律监管不足以及职业规范的不健全，操纵评估成本较低，助长了侵害行为的发生。我们通过对沪深两市2007年到2008年披露的202份定向增发样本进行实证分析发现：大股东通过注入上市公司资产的高溢价率侵害中小股东的利益，与此同时，这种侵害在不断加强。另一方面定向增发过程也存在着股票价格的折价问题，由于信息的不对称使得折价变得合理，所以这也为大股东通过股票的折价来侵害中小股东的利益提供了可能，同时由于我国上市公司股权较为集中，大股东对上市公司具有较强的控制力，这进一步为大股东侵害中小股东的利益增加可能性。我们以沪市2007年1月1日——2008年12月31日期间披露的定向增发的上市公司公告为研究对象，通过比较定向增发价格与基准价格以及定向增发价格与每股内在价值，我们发现大股东参与定向增发的折价率明显低于证监会要求的90%的基准折价率，并且定向增发股票的折扣率随着股东控制权的集中逐渐降低，大股东相对于其他投资者来说拥有最高的折扣率，大股东通过定向增发股票的折价侵害中小股东的利益。另外，我们论证了大股东通过高溢价率资产和低折价率股票侵害了中小股东的利益，基于这种侵害行为，我们对大股东向上市公司注入的资产后的经营效率进行了实证分析。为了减少或者说避免市场环境的变化对上市公司经营业绩造成的影响，使得反映的结果具有较高的准确性，我们使用统计学中的因子分析法来探讨上市公司定向增发购买资产后的效率问题。经过实证分析，我们发现大股东以非现金资产参与定向增发的上市公司，其增发后经营效率较增发前下降了，大股东进一步侵害了中小股东的利益。