克氏原螯虾（Procambarus Clarkii）隶属于节肢动物门、甲壳纲、十足目、螯虾科、原螯虾属。在中国分布较广,是目前淡水养殖业中具有较好养殖前景的品种之一。自1970年起,我国克氏原螯虾开始进行人工养殖,但近年来,克氏原螯虾种质出现了退化,包括性早熟、规格变小、商品率低、抗病能力下降等极大的影响了克氏原螯虾养殖业的效益。要实现克氏原螯虾养殖业的可持续发展,迫切需要对克氏原螯虾进行资源保护和遗传改良。本研究以克氏原螯虾贵州引进养殖群体（江苏、湖北、四川）和贵州本地养殖群体（麻线河）共4个养殖群体为研究对象,从形态学和分子生物学的角度对克氏原螯虾进行形态性状对体质量的影响、形态学差异分析、遗传多样性及遗传结构研究,为克氏原螯虾优良品种的选育提供理论依据。1、克氏原螯虾4个群体形态指标对体质量的影响通过测定了克氏原螯虾25项形态性状,通过各性状间的描述性统计分析、简单相关分析、通径分析、决定程度分析、多元回归分析及复相关分析研究其中24项指标对克氏原螯虾体质量的程度影响。描述性统计结果显示,除麻线河外,其余3个养殖群体（四川、江苏、湖北）变异系数最大的形态性状均为体质量,其变异系数分别为18.209%、21.687%、28.529%。经简单相关分析显示,4个养殖群体各形态性状对体质量的相关分析均达到了显著水平（P<0.01）。经过通径分析显示不同养殖群体形态性状对体质量的影响程度具有一定差异,即麻线河、四川、江苏和湖北被保留下来对体质量起主要影响的性状分别为5、3、6、5项。但存在共同点,即都保留了头胸甲相关性状。各群体保留性状的单独性状决定系数和两两性状共同决定系数的总和均大于0.85,这表明保留性状是影响各群体体质量的关键指标,可为人工选育优良品种提供一定的参考价值。2、克氏原螯虾4个养殖群体间形态差异运用聚类分析、主成分分析、判别分析及单因素方差分析对克氏原螯虾4个养殖群体的形态差异进行了研究。聚类分析显示,麻线河和四川群体的形态差异最接近,江苏群体与这4个群体的形态差异最大,独立成为一支。经主成分分析得到了8个主成分,其贡献率分别为:22.172%、9.688%、8.296%、7.811%、7.351%、7.263%、6.750%、6.729%,8个主成分的累计贡献率为76.0.59%,其中主成分1主要反映的特征是克氏原螯虾的头胸甲及胸部附肢的情况。判别分析得到了10个贡献较大的比例性状的判别函数系数,并分别构建了4个养殖群体的判别函数,综合判别率达73.13%。单因素方差分析结果显示,江苏群体已经产生了较大的形态差异,两两群体间的差异系数均小于1.28,表明克氏原螯虾各群体间的形态差异尚未达到亚种水平。3、基于线粒体COI基因对克氏原螯虾群体遗传多样性本研究采用线粒体COI基因对克氏原螯虾4个养殖群体进行遗传多样性研究。结果显示,在1168bp中共检测到核苷酸变异位点23个,其中转换位点15个,颠换位点8个。碱基T、C、A、G的含量分别为41.7%、12.5%、25.5%和20.3%,其中AT含量（67%）高于GC含量（32.8%）。4个养殖群体136个个体共定义了21个单倍型,总体单倍型多样性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性分别为0.6430,1.5829和0.0014,表明遗传多样性偏低。4个群体的单倍型多样性指数为0.40840.7652,核苷酸多样性为0.00060.0019,江苏群体具有较丰富的遗传多样性,具有一定的育种潜力,可以作为良好的育种材料。而四川群体的遗传多样性偏低,在后续养殖中要避免近亲繁殖。AMOVA分析结果显示,群体内分子变异占94.5%,群体间分子变异占5.5%,群体间的遗传分化系数Fst=0.055（P<0.01）（0.05<Fst<0.15）,群体间存在中等程度的遗传分化。运用K-2P模型构建了4个养殖群体的21个单倍型的NJ系统发育树,单倍型之间并没有按照单倍型所属群体的分类聚簇,表现为不同群体个体相互交错形成复杂的簇群。4、基于核DNAITS1序列对克氏原螯虾群体遗传结构采用直接测序法,分析克氏原螯虾4个养殖群体的核糖体第一内转录间隔区（ITS1）序列。结果显示,碱基T、C、A、G的含量分别为22.5%、26.8%、23.6%和27.2%,其中AT含量（46.1%）高于GC含量（54%）。克氏原螯虾ITS1长度为838860 bp,137个个体共定义了26种单倍型。总体的单倍型多样性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性分别为0.6225,1.2017和0.0015,表明遗传多样性偏低。其中,江苏群体具有较高的遗传多样性,可作为优良的亲本。基于AMOVA分析,群体间的遗传分化指数Fst=0.03984（P<0.01）（0<Fst<0.05）,说明群体间遗传分化较弱,与线粒体COI基因得出群体间存在中等的遗传分化不同,可能与两种不同进化速率和遗传方式的分子标记导致的。综上所述,江苏群体较其他三个群体已经产生了较大的形态差异,且遗传多样性较高,可以作为品种选育的基础群体。而四川养殖群体遗传多样性较差,可能出现了严重的瓶颈效应和近交衰退,建议后期建议后期加大引种的数量和范围,降低瓶颈效应和近交衰退带来遗传多样性下降的风险。