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胆固醇酯转运蛋白(Cholesteryl Ester Transfer Protein, CETP)是一种血浆糖蛋白，它介导胆固醇酯(Cholesteryl Ester, CE)从高密度脂蛋白(High-density Lipoproteins, HDL)转运到低密度脂蛋白(Low-densityLipoproteins, LDL)和极低密度脂蛋白(Very Low-density Lipoproteins,VLDL)，同时将等量的甘油三酯(Triglyceride, TG)分子反向转运。CETP的转运过程会降低有抗动脉硬化作用的HDL的血液浓度，并提高有致动脉硬化作用的LDL和VLDL的血液浓度。因此，抑制CETP介导的转运过程将成为一种治疗心血管疾病的好方法。实验以曾经报道过活性较高且有代表性的41个CETP抑制剂分子为研究目标，采用Dock6.2软件，取复合物中原配体周围10范围为活性位点对这41个化合物进行分子对接。根据对接的结果，验证了抑制剂本身的生物活性与CETP对接结果是基本一致的，并初步确定了抑制剂与受体相互作用的潜在结合位点。通过Dock对接研究，筛选出打分值和活性值最好的一类N,N-双取代的三氟-3-氨基-2-丙醇类CETP抑制剂化合物。为了深入的调查研究这些抑制剂化合物对接过程中的作用位点和作用机制，我们利用AutoDock软件完成了更细致的分子对接工作，成功的确认了有效的活性位点。此外，为确保对接结果的科学性和准确性，我们借助Amber软件进行了一系列的分子动力学模拟运算(MolecularDynamics, MD)。对接结果显示抑制剂与受体CETP作用的活性区域主要分布在两个疏水区域（P1和P2），这两个活性位点可以有效地结合化合物的亲脂性侧链或基团，进行有效的相互作用。通过实验，P1的Val421和P2的Met194氨基酸残基在构成疏水区域上起着关键作用。在P2区域的氨基酸残基Phe197和Phe463和配体分子有着π-π双键共轭的作用。其它取代基比如：3-苯氧基上的疏水取代基同样促进抑制作用，3-位的四氟乙氧基苯基引起的疏水性会优于一个较短的取代基所带来的作用。受体CETP和配体抑制剂小分子的作用机制能够成功的解释为什么不同的抑制剂结构会有着不同的抑制活性。我们期待这些发现能够为CETP相关的心脑血管疾病提供有益的信息和指导，从而能够设计开发出新的且更加有疗效的治疗药物。