本文以环保公益性行业科研专项“入海河口区水质标准和水环境质量评价方法研究(NO:201309007)”2013年9月～2014年4月4个季节的调查数据为基础，对九龙江口浮游生物的种类组成、时空分布、优势种、环境影响因素等进行了研究;基于环境因素和地理水文概况进行了区域划分，探讨了不同分区浮游生物的群落结构特点并对其水质进行了生物学评价。　　主要的研究成果如下:　　1、九龙江口浮游植物的种类组成和数量变化　　本次调查共鉴定浮游植物150种（含变种和变型），隶属于5门63属，其中以硅藻占主导地位。浮游植物种类数的季节变化趋势为秋季＞冬季＞夏季＞春季，丰度的变化趋势为春季＞秋季＞冬季＞夏季，夏季表层海水中叶绿素a的含量由于受降雨影响而与丰度有较大差异。浮游植物优势种共18种，各优势种的季节性变化明显，其中以圆筛藻和角毛藻占多数。盐度和营养盐是影响浮游植物种类组成的主要因素，而浮游植物的丰度主要受温度、盐度和营养盐的调控。九龙江口可划分为淡水区（Ⅰ区）、半咸水（Ⅱ区）和咸水区(Ⅲ区)3个区域:Ⅰ区受九龙江径流影响大，浮游植物的种类数最少，主要以蓝藻、绿藻和硅藻为主;Ⅱ区浮游植物的种类数有所增加，由于盐度变化剧烈，在此区域多以适盐范围较广的硅藻为主，其比例较淡水区明显升高;Ⅲ区受海水影响较大，种类最为丰富，河口广盐种和近岸种占极大比例，淡水藻类只有零星出现。　　2、九龙江口浮游动物的种类组成和数量变化　　本次调查共计鉴定浮游动物120种（隶属于8门81属）和浮游幼虫20类，其中以桡足类和水母类两大类群占优势。浮游动物种类数的季节变化趋势为夏季＞春季＞秋季＞冬季，丰度的变化趋势为春季＞秋季＞冬季＞夏季。其中，浮游动物优势种16种，以桡足类占多数，不同季节优势种的差异明显。相对于浮游植物而言，浮游动物的种类数受环境因素的影响较小，而与水深和盐度有较大的正相关关系;而浮游动物的丰度与盐度、水体中的叶绿素a浓度有较大的相关性。各分区的结果表明:Ⅰ区浮游动物种类数较少，主要由枝角类和桡足类组成，多数为淡水种，水母类基本没有出现;Ⅱ区的种类数较淡水区有明显升高，河口广盐类群占据主导地位，水母类和桡足类所占的比例大幅提高，成为该区的重要类群，枝角类则明显减少;Ⅲ区种类丰富，水母类、桡足类、软甲类等近海种和河口广布种成为该区浮游动物的主要组成部分。　　3、水质生物学评价　　本文从浮游植物和浮游动物两个方面对九龙江口的水质进行了生物学评价，表明浮游植物对环境变化和污染更敏感，评价结果的污染程度略大于浮游动物。综合浮游植物和浮游动物的评价结果，可得出九龙江口的环境污染情况为:受人类活动影响最大的淡水区污染程度最重，半咸水区污染程度较重，而咸水区的污染程度最轻。