鲫作为中国重要的淡水经济鱼类,在湖南省渔业经济领域有着不可或缺的地位,但长期的捕捞、河道挖沙和水利建设作业等对鲫的种质资源造成了一定负面影响。本研究通对湖南省“湘资沅澧”四水及洞庭湖水域不同河段的鲫群体进行样本收集。采用形态学标记对其进行初步分类,并通过微卫星和mt DNA分子技术探究各群体表型性状与基因之间差异。旨在掌握湖南省鲫的种质资源现状与动态,即各个水系区段鲫群体的遗传多样性情况、遗传分化信息、形成遗传分化的原因等,以期实现鲫种质资源的科学有效保护和可持续发展利用。本研究结论如下:（1）通过对湖南省“湘资沅澧”四水和洞庭湖的鲫群体形态学数据进行比较,首先单因素方差分析显示鲫群体间各形态学指标存在一定差异,但这种差异还达不到亚种水平,还不能对其进行具体区分;其次协方差分析显示五个水系鲫群体显著差异;另在聚类分析显示除BMH和XYX外,余下群体未出现显著差异（P>0.05）;在主成分分析结果显示第一主成分占到了93.11%,且主要贡献性状为鱼类生长相关性状,如:体高与鱼类肥满度相关;体长、头长、头高、尾柄长、尾柄高等与鱼类体型性状相关。最后LDA分析中显示,“湘资沅澧”和洞庭湖除极个别群体外,均聚为一体,未表现出明显差异。（2）对湖南省“湘资沅澧”四水和洞庭湖的鲫群体进行倍性鉴定,采集到的样品中三倍体占比达到63.23%,未发现四倍体。36个群体中均有不同程度的哈迪-温伯格平衡偏离情况,体现为杂合度过高,其中CLJ、YJS、GZX、XJH、XPX5个群体为负值,可能群体内存在杂合子缺失现象,偏离哈迪-温伯格平衡最大的群体为WGX。在对湖南省鲫群体线粒体COⅠ基因序列（605bp）的检测中,共发现55个单倍型;线粒体16SrRNA存在48个单倍型。对湖南省鲫群体COI和16SrRNA基因分别进行最大拟然树（ML）构建（1000次重复抽取）,结果显示,COⅠ的55个单倍型中HN16和HN42单独聚为一支,分别和（MK843659.1、NC＿001606.1）对应聚为一大支。16SrRNA48个单倍型聚为大一支,和最近源的银鲫单倍型（KU668573.1）不聚为一支。SSR的AMOVA分析显示湖南省鲫群体之间存在差异。研究结果表明湖南省鲫群体种类和形态未出现明显差异,遗传多样性仍然处于相对较高的遗传分化水平,推测鲫群体间遗传分化是在地理环境间的距离和鲫营定居性的生活史所导致;同时湖南省鲫的数量保持了相对稳定的状态。