锁瑚菌属Clavulina温带分布的物种种内形态多样,不同物种之间的形态鉴别特征模糊。尤其是锁瑚菌属Clavulina三大物种复合群C.cristata complex、C.cinerea complex、C.rugosa complex共包含20多个种下分类单元,并且以上物种之间的过渡类型似乎是共同的,使得形态学鉴定更加困难和复杂。因此,本研究开展了对锁瑚菌属Clavulina真菌分子系统学的研究,不仅可以提高对锁瑚菌属Clavulina真菌系统发育关系的认识,而且为该属全球分布的所有物种的分子系统学研究提供了重要线索。以采集自中国12个省份并保藏于南京师范大学微生物培养中心的共87份锁瑚菌属Clavulina标本为研究对象,基于LSU(28S核糖体大亚基)、ITS(核糖体RNA内转录间隔区)和rpb2(RNA聚合酶Ⅱ第二大亚基)三个基因片段,分别采用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian Inference,BI)构建锁瑚菌属Clavulina系统发育树。锁瑚菌属Clavulina系统发育分析结果表明:中国锁瑚菌属Clavulina sp.、C.cf.cristata、C.cf.rugosa、C.cristata complex、C.cinerea complex、C.rugosa complex始终位于同一分支内,但物种之间未呈现出任何亲缘关系;初步确定C.rugosa物种复合群为锁瑚菌属Clavulina内一单系类群;单系分支内由于地理因素而形成具有遗传隔离的亚分支,表明可能正在发生物种形成过程。本研究采用MEGA6.0软件对锁瑚菌属Clavulina真菌ITS序列的种内及种间遗传距离进行计算,评估ITS序列作为锁瑚菌属Clavulina物种DNA条形码的可行性。结果表明:锁瑚菌属Clavulina ITS序列的最大种内遗传距离值为0.029,小于最小种间遗传距离值0.03,锁瑚菌属Clavulina物种ITS序列之间存在清晰的“barcode gap”。3%ITS序列分歧度作为界定该类群的标准阈值,用于锁瑚菌属Clavulina物种的鉴定。结合多基因谱系一致性系统发育种识别法和ITS序列阈值法,最终共鉴定中国锁瑚菌属Clavulina真菌现存14个系统发育种。