《说文》部首次第研究始自南唐,隐晦于宋元明三代,发展并鼎盛于清代,近现代人研究无出清人之右。通过依次探究540部首之间的系联关系,本文认为:现存《说文》基本可以反映许慎的部首体系,虽有错简和系联关系不明的部首存在,但不至于打乱整个部首系统;《说文》部首之间的排列据形、义系联,形义结合系联占了绝大多数,并不存在据音系联原则。整个部首系统始一终亥,呈现树状分布;《说文》部首排列中贯穿的始一终亥,复从一起、天人合一、阴阳五行等思想以及设置540个部首,都体现了《说文》部首具有阴阳变化、衍生万物、周而复始、包罗万象的功能;从《说文》部首编纂的实际情况来看,许慎首创汉字部首系统,其首要目的不是为检索之便,而是欲梳理出一个汉字衍生系统,使得所有汉字各有其属,理明类清;540部首尽管构思精巧,却不便于查检。后代字书的部首编排虽深受《说文》部首系统的影响,但也逐渐摆脱其据义系联和哲学思想的束缚,重新删定排列,部首一词的内涵也随之发生变化。