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本研究以中华鳖为研究对象,探讨高脂日粮对中华鳖肌肉和肝脏中生物钟核心基因、重要功能基因及microRNA表达的影响。其方法和结果如下:通过克隆、测序及生物信息学方法,获得中华鳖Clock、Bmal2和Per2三个生物钟核心基因的ORF区序列大小分别为2553 bp、1902 bp和3888 bp,共编码氨基酸850个、633个和1295个。其中,Clock、Bmal2两个蛋白均含有1个BHLH结构域和2个PAS保守结构域,而Per2只含有1个PAS结构域。且中华鳖Clock、Bmal2和Per2三个生物钟核心基因在进化上与其它爬行类动物和鸟类具有更亲的亲缘关系,而与鱼类和哺乳类关系较远一些。采用qRT-PCR技术和geNorm、NormFinder与BestKeeper三个软件,对GAPDH、18S rRNA、RPL13、RPL19、RPS2和β-actin 6个内参基因进行筛选。得出中华鳖肌肉和肝脏中最适内参基因分别为RPL13和RPL19。选取180只中华鳖随机分成两个组即对照组和实验组,分别投喂脂肪含量为7.98%和13.86%的饲料,定制光周期为12 h光照vs 12 h黑暗。饲养6周后,24小时内每间隔3 h采集一次肌肉和肝脏样品。采用RT-qPCR技术进行基因定量分析,采用SPSS显著性分析法和余弦分析法进行基因节律分析,来研究高脂日粮对中华鳖生物钟核心基因、相关功能基因、microRNA昼夜节律表达特征的影响。结果发现:1、中华鳖肌肉组织中有13个生物钟核心基因(Clock、Bmal2、Tim、Cry1/2、Per1、DBP、AANAT、NIFL3、BHLHE40、NR1D2、RORA和RORC)和9个重要肌肉功能基因(FBXO32、MSTN、Myf5、Myf6、MyoD、MyoG、PCNA、Trim63、UCP3)均具有节律性表达特征,且他们之间存在着较强的正相关或负相关关系。然而,投喂高脂日粮后,其中的8个生物钟核心基因(Clock、Bmal2、Cry2、Per1、DBP、NFIL3、BHLHE40和RORA)和6个重要肌肉功能基因(MSTN、Myf5、MyoD、MyoG、PPARa和Trim63)的节律性表达遭到破坏,且这种相关性关系也发生了改变。2、中华鳖肝脏组织中11个生物钟核心基因(Clock、Bmal1/2、Tim、Cry2、Per2、NFIL3、NR1D1/2和RORB/C)和16个脂肪代谢基因(FAS、DGAT1、HMGCR、LDLR1、LIPIN1、CPT1A、PPARα、PPARβ、PPARγ、Sirt1、APOA1、APOB、PDK4、ACSL1、Lxrα和RXRA)均具有良好的节律性表达特征,且他们之间也存在着较强的正相关或负相关关系。但高脂日粮使得8个生物钟核心基因(Clock、Cry2、Per2、NFIL3、NR1D1/2和RORB/C)和7个脂肪代谢基因(FAS、CPT1A、Sirt1、APOA1、APOB、PDK4和ACSL1)的节律表达特征消失,而其它基因的相位峰值发生前移或延后的现象,他们之间的相关性关系也发生了很大的改变。3、中华鳖肝脏组织中三个重要的microRNA(miR-1a、miR-21和miR-34a)均具有节律性表达特征,且与生物钟核心基因(Clock、Bmal1和Bmal2)和脂肪代谢基因(Lxrα、PPARα和Sirt1)之间具有较强的相关关系。但高脂日粮改变了他们的节律性表达特征和表达水平,从而引起相关生物钟核心基因和脂肪代谢基因的昼夜节律表达模式、mRNA表达水平及他们之间的相关关系发生相应改变。因此,高脂日粮能改变中华鳖肌肉和肝脏中生物钟核心基因、重要功能基因以及microRNA的节律性表达特征及他们之间的相关性关系。这些结果为揭示高脂日粮对中华鳖生物钟及相关基因表达的关系积累了资料,具有一定的理论价值和生产指导意义。