改革开放以来,京津冀、珠三角、长三角都市圈作为中国经济发展的三大引擎。但是,随着经济的高速发展,资源相对匮乏,能源利用率较低,过度消耗,环境质量日益下降仍然是现阶段制约经济可持续发展的关键瓶颈。尽管改革开放以来,我国出台了针对三大地区的环境政策和环保目标,目前三大地区依然是中国环境污染的重灾区。环境问题不仅影响到工业行业的经济技术效率,对全要素生产率也有一定的影响。本文从静态方面通过传统的SBM模型测算不考虑环境因素的京津冀、珠三角、长三角三个地区35个城市的工业经济效率;通过运用基于非期望产出的SBM模型计算考虑环境因素的地区工业环境效率。从动态方面通过运用Malmquist指数法和Malmquist-Luenberger指数分别测算出不考虑环境因素的全要素生产率指数和考虑环境因素的环境全要素生产率指数,并进行分析对比。本文最后一部分运用计量经济模型分析影响环境效率的因素。结果表明,区域间工业发展与资源环境协调性不平衡,京津冀地区的工业发展环境效率水平均相对较低。同时,忽略环境因素会高估技术效率以及全要素生产率,且各地区工业环境全要素生产率的增长主要是由技术进步带动的。同时对区域工业环境效率的影响因素进行回归分析发现,第二产业占比GDP短期内会刺激环境效率的改善;资本劳动比与环境效率显著负相关;资源禀赋水平会对环境效率产生正效应;科技投入会提升生产技术水平,从而会改善环境效率;外商直接投资对环境效率的改善存在一定的负效应。基于相关理论研究和实证结果,本文给出了提高地区工业环境效率的政策建议。