番茄是一种重要的蔬菜作物,具有广泛的应用价值和食用价值,但是在生长过程中,会受到低温的伤害,而多毛番茄(Solanum habrochaites)具有抗冷性,是重要的番茄抗冷种质资源。叶绿体是重要的细胞器,负责光合作用,并在绿色植物和藻类的植物生理和发育中起着至关重要的作用,叶绿体基因组不仅与光合作用、呼吸作用等重要的植物生理活动有关,而且对番茄系统发育的研究方面等也有重要的作用。因此,对多毛番茄叶绿体基因组的研究以及通过冷胁迫转录组数据对多毛番茄叶绿体基因组中可以调控的抗冷基因的筛选具有很重要的理论研究意义。本研究的主要研究内容和结果如下:(1)提出了一个基于转录组测序数据中筛选叶绿体基因组数据的新策略。(2)进行了多毛番茄叶绿体基因组的测序,多毛番茄叶绿体基因组序列全长155449bp,具有典型的四部分结构,其中一个大的单拷贝区大小为85868bp,一个小的单拷贝区大小为18359bp,由两个都为25611bp的反向重复区域分隔。一共发现了142个独特基因,包括105个蛋白质编码基因(有11个含有内含子的基因),8个t RNA基因和29个r RNA基因,其中与表达相关的基因有68个,与光合作用相关的基因有47个以及6个其他基因和21个未知功能的基因,且存在51816个密码子,43个简单序列重复、50对散在重复序列以及29个串联重复序列。(3)通过多毛番茄叶绿体基因组与其他5个茄属叶绿体基因组比对,发现LSC区域和SSC区域的差异要大于两个IR区域的差异,差异较大的区域是在编码区域,而非编码区域的差异并不是很显著,大多数的差异序列是位于基因间隔区间,在不同的间隔区域存在着不同程度的变异,在基因区域内,ycf1、mat K和ndh K有稍微大一些的差异。在多毛番茄的IR区边界中发现LSC区与SSC区的编码区和非编码区都要比IR区序列保守,ycf1基因与rps19基因的位置变化可以体现出IR边界的扩张和收缩。(4)多毛番茄叶绿体基因组中跟抗冷有关的主要基因一共有6个,分别是两个光合作用相关的基因psb A、ndh J,两个未知功能基因ycf13、ycf15,以及两个表达相关的基因rrn4.5、rps11。