翘嘴鲌遗传多样性及卵膜糖蛋白ZP3基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析

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翘嘴鲌(Culter alburnus),隶属辐鳍鱼纲(Actinopterygii),鲤形目(Cypriniforme),鲤科(Cyprinidae),鲌亚科(Culterinae),鱼鲌属(Culter)。翘嘴鲌广泛分布于我国除青藏高原外的各大水系。本团队在长江流域长期渔业资源调查过程中发现不同水域翘嘴鲌存在卵型变异现象:丹江口水库翘嘴鲌产漂流性卵,而长江水系其他水域翘嘴鲌产粘性卵。根据此前报道,在黑龙江省兴凯湖翘嘴鲌也发现产漂流性卵。粘性卵卵膜较厚、结构复杂,而漂流性卵卵膜较薄,结构简单。卵膜的许多形态结构可以作为区分鱼类科或属的性状,部分鱼卵可在受精孔(区)结构中找到种的特征。这是否意味着丹江口水库及兴凯湖翘嘴鲌与其它水域该物种出现较大程度分化?它们的遗传距离是怎样的?造成卵型变异的主要原因是什么?一切都不得而知。因此有必要确定它们之间的遗传关系,对翘嘴鲌资源保护和合理利用提供有重要价值的信息。另外,作为一种人工养殖的重要经济鱼类,近年来翘嘴鲌鲌逐渐面临种质退化的风险,亟待对其开展遗传多样性调查,以合理开发利用其种质资源。基于以上,本文利用线粒体和微卫星标记对翘嘴鲌多群体遗传多样性和遗传结构进行了研究,分析了野生群体和养殖群体的遗传变异。克隆了翘嘴鲌卵膜糖蛋白ZP3基因cDNA全长,分析了其组织表达,构建了原核表达质粒。检测了部分片段单核苷酸多态性,并分析了其与卵型变异的相关性。重要结果如下:1、翘嘴鲌微卫星序列的开发及通用性检测利用磁珠富集法筛选了15个新的翘嘴鲌微卫星标记。在32个体中扩增出的等位基因数为2-10,平均为5.5。观测杂合度和期望杂合度分别为0.664和0.681。有11个位点多态性信息含量>0.5,另外4个位点介于0.25和0.5之间。对其通用性进行了检测,12个位点在蒙古鲌30个体中表现出多态性,3个单态。其中11个位点多态性信息含量>0.5,另外1个位点介于0.25和0.5之间,显示了良好的同源通用性。2、结合16S rRNA和COI序列分析翘嘴鲌鲌4野生种群遗传多样性利用线粒体细胞色素c氧化酶I亚单位和核糖体16S亚基合并序列分析了翘嘴鲌鲌4野生群体遗传多样性和遗传结构。共计89条合并序列被分析,共鉴定出12个多态性位点和10个单倍型。结果呈现高单倍型多样性(0.587±0.047)和低核苷酸多样性(0.00197±0.00073)的特点,AMOVA分析发现种群间(FST=0.3792,P<0.01)遗传变异较大。FST表明群体间存在明显的遗传变异。结果说明翘嘴鲌遗传多样性较低,需要加强保护。群体内存在分支,可看做三个不同的管理单元。3、结合微卫星和D-loop分析翘嘴鲌鲌野生种群和养殖种群的遗传变异结合线粒体D-loop和微卫星标记分析了翘嘴鲌鲌5个野生群体和2个养殖群体的遗传多样性和遗传结构。同先前的结果一致,所研究群体翘嘴鲌遗传多样性较低,其中兴凯湖翘嘴鲌群体遗传多样性最低,急需加强资源保护。2个养殖群体遗传多样性水平并没有明显低于野生群体,显示了较大的遗传育种潜能。5个野生群体内存在分支,可划分为不同的管理单元。4、翘嘴鲌ZP3基因cDNA全长序列克隆,组织分布,原核表达及单核苷酸多态性检测利用RT-PCR和RACE技术克隆了翘嘴鲌卵透明带3基因(cDNA全长。CaZP3肽链由436个氨基酸编码,分析结构域,发现其包含N-端信号肽、ZP模块、内部疏水区、外部疏水区、1个保守的N-糖基化位点、2个保守的O-糖基化位点、ZP模块存在的8个和模块外存在的4个保守的半胱氨酸残基。和其它鱼类观察到的一致,CaZP3也存在一个保守的酶解位点。克隆了CaZP3基因起始密码子及终止密码子基因片段,发现其存在8个外显子和7个内含子,同其它物种ZP3基因一致。利用qRT-PCR分析了CaZP3基因在不同组织中的表达,发现除在雌鱼卵巢中显著表达外,在其它组织如心脏、肾脏、肌肉和腮中也有不同程度表达。在雄鱼精巢和肌肉中也有表达。 利用直接测序法分析了CaZP3基因部分区段单核苷酸多态性,筛选到15个新的单核苷酸多态性位点。其中Snp12在不同卵型群体中存在明显的基因型差别,可能同卵型变异有关。
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