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本研究以普通荞麦、F. esculentum var. homotropicum及其杂交所建立的238株F2代分离群体为材料,进行了RAPD与STS标记分析和重要形态性状遗传分析,由此构建遗传标记连锁图谱。所得主要结果如下:1.初步构建了包含RAPD、STS、形态性状标记在内的普通荞麦和F. esculentum var. homotropicum遗传标记连锁图谱。F. esculentum var. homotropicum的连锁图谱有8个连锁群,共含有54个DNA分子标记位点,3个形态性状标记位点,覆盖基因组总长度526.6cM;普通荞麦的遗传连锁图谱也有8个连锁群,共包括50个标记位点,其中,DNA分子标记位点48个,形态标记位点2个,覆盖基因组总长度为443.1cM。2.发现花柱同长、落粒性和瘦果棱形状这3个性状属于单基因遗传,并且是完全显性的。通过与分子标记结合分析,这3个性状标记可成功地整合在F2分离群体父本F. esculentum var. homotropicum的遗传连锁图谱上。其中,控制花柱同长的Ho基因和控制落粒性的Sht基因均定位在其连锁群Group 1上,控制瘦果棱形状的Ac基因定位在其连锁群Group 4上。3. F. esculentum var. homotropicum遗传连锁图上有一些与形态标记位点连锁关系较紧密的RAPD标记。如与Ho基因座紧密连锁的S64-601和与Ac基因座紧密连锁的S52-1106两个标记可以通过克隆测序转化成STS标记或是SCAR标记进一步对这两基因的定位与克隆进行研究分析,而在Ho、Sht两基因座位点周围的S64-601、S64-819、S73-1198、S20-1213等标记位点也可用于自交亲和(Ho)基因的分子标记辅助选择。4.通过研究RAPD和STS标记引物对两亲本中稳定扩增的316条谱带,分析在两者间相同和特异的谱带情况,首次建立了包括变种F. esculentum var. homotropicum在内的普通荞麦RAPD和STS标记指纹图谱。这些指纹图谱可以应用于这两个荞麦群体的鉴定。