新型农村合作医疗制度对解决农民“因病致贫、因病返贫”问题、解决“三农问题”、实现统筹城乡、经济社会发展和全面建设小康社会具有重大意义。本文分析了江西省建立新型农村合作医疗制度的必要性与可行性，调查了芦溪县、崇义县新型农村合作医疗制度试点情况，总结了江西省新型农村合作医疗制度试点过程中存在的问题：第一，医疗资源配置公平性缺失；第二，资金筹集难度大；第三，补偿机制不合理；第四，信息化管理滞后；第五，监督体系缺失；第六，政策执行力度不够。构建了“富者越富、贫者越贫”基模、合作医疗“成长上限”基模、合作医疗“舍本逐末”基模来分析江西省新型农村合作医疗制度存在的问题。提出了解决新型农村合作医疗制度存在问题的政策建议：第一，合理转移投入重心，加大政府对农村医院的投入；第二，发展农村生产力，解决资金筹集难题；第三，加强政府引导，抑制“成长上限”趋势；第四，建立合理的补偿机制；第五，建立科学的信息管理系统；第六，建立监督机制；第七，建立激励机制；第八，加强新型农村合作医疗制度立法工作。