为解决新三板市场挂牌企业质量不一、交易清淡等问题,股转公司把新三板企业进一步分层,在《全国股转公司挂牌企业分层方案》中明确了三套创新层的准入指标,以实现对市场差异化安排。创新层的三套指标要求使分层过程接近一次小IPO。管理层为了满足财务指标要求,最大化自身利益,会进行盈余管理、隐瞒信息和非效率投资等逆向选择行为,这些行为最终将在企业财务健康程度上体现,表现为财务困境风险上升。机构投资者作为公司治理中的一支重要力量,拥有丰厚的资本与经验,能够在企业内部主动监督,抑制管理层逆向选择行为。但各类机构投资者的动机、能力各异,故在公司治理中的角色不同。那么,新三板分层是否会对挂牌企业财务困境风险有不利影响?机构投资者在这一过程中起到了什么作用?本文将对这些问题开展研究。本文首先总结前人研究;并阐述了新三板分层对财务困境风险的影响、机构投资者存在及其类型对财务困境风险波动的影响;而后提出假设;再进行实证分析。研究以2014年底之前挂牌的企业为研究对象,在实证分析的基础上得出如下结论:新三板分层将导致首次分层时进入创新层企业财务困境风险产生额外波动;财务困境风险会随着机构投资者的出现而降低;机构投资者存在抑制首次分层时进入创新层企业财务困境风险波动幅度;机构投资者的类型差异,对首次分层时进入创新层企业财务困境风险波动幅度存在影响;新三板分层对财务困境风险的影响逐渐暴露,且随着时间推移逐步加强。