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紫貂（Martes zibellina）隶属于食肉目鼬科，广泛分布于欧亚大陆及周边岛屿的针叶林或针阔混交林。紫貂活动地域跨度大、形态特征变异幅度较大，部分地理种群发生过重引入，这使得其亚种划分较为困难。同时，俄罗斯、中国和蒙古作为紫貂的主要栖息地，其种群数量相对较多，三个国家不同地理紫貂种群的遗传多样性、遗传分化和遗传结构一直都是相关学者的研究热点。但相关研究多存在地理种群数较少或种群分布区域范围较小，不同种群内样本数量少等问题。 本研究基于简化基因组限制性核酸内切酶识别位点相关DNA(Restriction-site Associated DNA，RAD)测序技术，经引物筛选获得紫貂物种特异性微卫星位点;并利用这些分子标记对产自中国东北、蒙古、俄罗斯的小兴安岭亚种（M.z.linkouensis）、长白山亚种（M.z.hamgyenensis）、大兴安岭亚种（M.z.princeps）、萨彦山亚种（M.z.sajanensis）、色楞格河（M.z.obscura）、指名亚种（M.z.zibellina）、乌苏里亚种（M.z.arsehjevi）、叶尼塞河亚种（M.z.yeniseensis）8个亚种(N=139)进行了种群遗传多样性、遗传结构分析。 在预筛选出的101对微卫星引物中，最终获得15个有效微卫星位点，其中5个位点属于高度多态位点，两个位点属于低度多态。对紫貂亚种进行种群遗传学研究，总群体平均等位基因数为4.867，平均有效等位基因数为1.928，等位基因分布不均匀。8个亚种种群在15个位点上平均观测杂合度为0.365，平均期望杂合度为0.426，种群整体上的遗传多样性水平偏低。在8个亚种种群中，大兴安岭亚种的等位基因数最多，为3.867;指名亚种次之，等位基因数为3.733;乌苏里亚种观察等位基因数最少，为1.800。大兴安岭亚种与色楞格河亚种的观测杂合度分别为0.400，0.437，在8个亚种中处于较高水平。 对紫貂种群进行的F-统计量检测，总群体Fis均值为0.029，Fit均值为0.151。各亚种之间遗传分化系数位0.005-0.157，即各亚种间存在不同程度的遗传分化，其中乌苏里亚种与其它7个亚种间的遗传距离最远。在亚种间的基因流中指名亚种与大兴安岭亚种间基因流最大为48.769，指名亚种与萨彦山亚种间的基因流次之为17.736，其它亚种间的基因流大小范围为1.343-16.757。 构建8个亚种的系统发生树，8个亚种被分为4大支，即指名亚种、大兴安岭亚种、萨彦山亚种、叶尼塞河亚种首先聚为第一大支;小兴安岭亚种和长白山亚种聚为第二大支;第三支为色楞格河亚种;第四支为乌苏里亚种。贝叶斯聚类分析，紫貂种群被划分为2大类群。对16个地理种群的分析，群体被划分为6大类群，Arhara Rive群体列为独立一支，苇河、尚志群体聚为一支，三个群体最接近它们共同祖先，萝北群体单独一支，汪清、伊春、漠河群体聚为一支，Chikoi River群体独立一支，图强群体与俄罗斯不同地理种群聚为一支。