中国狼（Canis lupus chanco）又称蒙古狼，长久以来认为是灰狼的一个亚种。但近几年来的研究表明中国狼可进一步划为几个亚种，但由于实验手段方法的不同及选取样本数量的限制，具体的划分仍然没有形成共识。此外，由于狼适应性极强，能在非常恶劣的环境下生存，加上近年来人类活动范围的扩大及其栖息地环境的破坏，现在我国的狼主要分布在人口稀少的青海，西藏，新疆，内蒙等偏远地区，且分布密度极不均匀。了解狼集中分布地区种群的遗传多样性，有利于制定狼种群保护和管理措施，进而为下一步促进种群基因交流，防止种群遗传衰退提供理论依据。本文为揭示中国狼不同地理种群的遗传差异，探讨中国狼系统发育及遗传多样性，选取了青海湖地区，新疆阿勒泰地区，内蒙呼伦贝尔地区，吉林图门地区狼种群为研究对象，大部分样品通过非损伤取样的方法获得并提取总DNA,采用分子生物学的手段，对线粒体DNA控制区第一高变区（HVRI）及细胞色素b（Cytb）部分序列进行扩增测序及序列分析，并与世界其他国家地区的灰狼线粒体序列进行比较研究，估计中国狼进化进化分歧时间及系统发育地位。得到以下结果：1.在青海,新疆,内蒙古和吉林四个地区获得40个个体线粒体细胞色素b（Cytb）582bp序列中发现31个变异位点（5.33%），变异位点全部为简约信息位点，未见单核苷酸变异位点。A、 G、 C和T碱基平均含量分別为29.9%、11.6%、29.6%和29.0%,其中A+T含量明显高于G+C含量。共定义了7个单倍型，其中青海种群核苷酸多样性（0.00767±0.00515）最高，其次是内蒙古种群（0.0039±0.00092），新疆种群核苷酸多样性（0.00160±0.00053）最低，说明青海种群线粒体Cytb遗传多样性较高。2.在青海,新疆,内蒙古和吉林四个地区获得44个个体线粒体控制区第一高变区（HVRI）582bp序列中共发现51个变异位点，占分析序列长度的8.76%，插入缺失位点11个，碱基替换位点40个。变异位点中单核苷酸变异位点8个，简约信息位点32个。共确定16个单倍型，各地理种群中新疆种群的核苷酸多样性为（0.00942±0.00177），其次为内蒙种群（0.00511±0.00150），青海种群（0.00453±0.00108）最低，说明新疆种群线粒体控制区HVRI遗传多样性较高，遗传资源丰富。利用中国4个地理狼种群进行线粒体控制区HVRI研究遗传多样性检测，发现平均核苷酸多态性为2.27%，较世界其他地区狼相比遗传多样性较高。3.利用狼线粒体细胞色素b（Cytb）定义的7个单倍型，结合本实验获得的山东本地土狗Cytb部分序列，及本课题组先前研究获得的乌苏里貉、赤狐和豺的Cytb序列，使用邻接法（Neighbor joining，NJ）和最大简约法（Maximum Parsimony，Mp）构建中国5种犬科动物的系统发育树。两种进化树拓扑结构相似，证明系统发育分析结构可信。由进化树分析可得，赤狐和乌苏里貉是犬科动物中最先分化出来的动物，其次是豺，最后是犬属的狼与家犬。4.从Genbank下载20个中国狼线粒体控制区第一高变区（HVRI）与本研究发现的单倍型比较，重新定义28个单倍型。这些单倍型构建的系统进化树可以看出，中国狼明显的划分为两个不同的世系，青海种群单倍型与除青藏高原地区外的单倍型基于遗传距离分属两个不同的世系。从Genbank下载123个狼线粒体控制区序列与中国狼构建系统进化树并参考前人研究成果发现，青藏高原及其附近地区的狼亚种与世界其他地区狼序列差异较大，推测青藏高原种群的狼可能与印度喜马拉雅山附近的狼同属于西藏狼亚种。5.基于线粒体Cytb和控制区HVRI计算中国狼各地理种群间的遗传分指数及基因流发现:青海种群其它地理种群间几乎不存在基因流,表明青海种群与其它地理种群产生了明显的的遗传分化。6.利用遗传距离和分子钟的分歧时间计算公式为t=D/2a及已校正的哺乳动物Cytb序列分子进化钟，基于Kimura双参数距离模型，计算各地理种群进化分歧时间。通过计算得出，青海种群与其他3个地理种群分歧时间（1.08-1.2MYA Bp）远大于内蒙古、新疆与吉林种群遗传距离数值范围为种群分歧间的分歧时间（0.05-0.15MYABp）。