近年来,随着社会与经济的快速发展,我国税收法律法规制度体系不断地健全,税收执法行为以及税收管理方式不断地规范,依法治税已经成为税务机关最基本的指导思想和征管原则。自营改增试点以来,税务机关积极推进“互联网+税务”,全面建成金税三期工程,打造增值税发票管理新系统,强化税收风险管理,实施分级分类管理,创新大企业税收管理,深化税务稽查改革,国税系统与地税系统进行机构合并,成为自1994年分税制后改革以后影响范围最大、意义深远的一次重要税制改革。税务机关征管能力的有效提升,企业管理面临日趋复杂的外部与内部环境,由此引发的税务风险不断引发社会各界的关注。按照2017年国民经济行业最新分类(GB/T 4754—2017),医药行业包括八个门类,在原GB/T 4754—2011七个门类的基础上新增了药用辅料及包装材料。医药行业在我国经济社会领域中有着重要作用,与人们的生活、身体健康息息相关。医药行业的快速发展以及在药品生产、流通产业链出现的一些问题,国家推出了药品购销“两票制”新规,压缩了药品的流通环节,一些医药制造企业销售模式也在发生着转变。在国家深化改革重要转型变化的背景下,S制药公司自身规模不断壮大,逐步地形成了跨区域的经营发展模式。然而当前,税务风险已成为了企业风险管理的重要内容和核心环节,有效地进行税务风险管理能够起到降低生产经营成本、提升自身核心竞争力、促进企业可持续健康发展的重要手段。本文首先对相关学者对于税务风险及其管理的研究进行了综述,介绍了医药行业的概况、生产工艺、行业涉税风险点、“两票制”及税制改革对医药制造行业的影响以及S制药公司的基本生产经营情况、财务及税务情况。再从S制药公司的组织管理结构、财务报表、税务管理情况进行了较为详细的税务风险分析。同时对S制药公司的外部税务风险进行了梳理。指出了该公司税务风险管理理念有待转变、税务风险意识不强、对虚开增值税专用发票的危害性认识不足、税务风险管理体系有待进一步完善、税务风险管理机构缺失、税务人员的业务能力有待加强、税务风险识别和评估方法有待进一步改进等问题。文章最后通过深化S制药公司的税务风险管理理念、建立和完善S制药公司税务风险管理体系、积极解决好生产经营税务风险管理中的问题、改进税务风险管理方法等一系列具体措施,旨在促进S制药公司积极地关注税务风险,规避税务风险,加强税务风险管理,依法合理纳税,合法经营,提高纳税遵从意识。