猪铁代谢相关基因的克隆、生物信息学分析及表达分布

来源 :河南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xujuenrong
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以EST片段为基础,电子延伸获得新的编码基因,通过RT-PCR技术克隆得到相关基因的cDNA序列,并利用生物信息学工具预测其相关生物信息学性质,为进一步探讨相关基因的功能奠定基础,同时利用半定量RT-PCR方法分析了猪细胞色素b还原酶1(CYBRD1)、猪配对的二价金属离子转运蛋白1(DMT1)、猪铁效应元件结合蛋白2(IREB2)、猪Fe+3螯合物还原酶1(FRRS1)基因的时空表达规律并利用生物学软件对各基因相对应的蛋白进行分析。试验成功克隆了猪细胞色素b还原酶1(CYBRD1)、猪配对的二价金属离子转运蛋白1(DMT1)、猪铁效应元件结合蛋白2(IREB2)、猪Fe+3螯合物还原酶1(FRRS1)基因。克隆的CYBRD1基因长960bp包含了完整的开放阅读框,编码285个氨基酸残基的蛋白质。CYBRD1蛋白的分子量为31.53Kda,等电点为9.3,含有32个酸性氨基酸残基和28个碱性氨基酸残基,在第49~78氨基酸残基间有一个B561结构域,在第37~38残基间有信号肽的剪切位点,成熟肽疏水性强。CYBRD1开放阅读框与人、大鼠、小鼠同源性分别为88.2%,80.7%, 81.5%,推测的氨基酸序列同源性分别为84.2%,77.9%,78.9%。有6个蛋白激酶磷酸化的位点和6段明显的跨膜区。二级结构预测表明CYBRD1蛋白前端及中端有一个较长α-螺旋,近末端处主要是β-折叠和转角,末端处还有一个短的α-螺旋。组织表达规律分析表明:CYBRD1在空肠表达量最高,在回肠有中度表达,在盲肠、结肠、直肠、脾脏、肌肉有轻度表达。克隆DMT1基因长1691bp,包含完整的ORF,编码562个氨基酸残基的蛋白质。DMT1蛋白的分子量为61.46Kda,等电点为5.78,含有81个酸性氨基酸残基和45个碱性氨基酸残基,疏水性大于亲水性。DMT1蛋白有9段明显的跨膜区和17个蛋白激酶磷酸化的位点。开放阅读框与人、牛、大鼠、小鼠同源性分别为89.9%、91.1%、87.4%、85.3%。推测的氨基酸序列同源性分别为92.2%、95%、92.3%、90%。二级结构预测表明有一个较长的α-螺旋几乎贯穿DMT1始终。组织表达规律分析表明:DMT1在十二指肠、心脏、空肠前段有高度表达,在空肠中后段、肺脏、脂肪、回肠、脾脏有中度表达,在肾脏、盲肠、结肠、直肠有轻度表达。克隆的FRRS1基因长1785bp包含了完整的ORF,编码591个氨基酸残基的蛋白质。蛋白的分子量为65.6Kda,等电点为8.82,含有76个酸性氨基酸残基和80个碱性氨基酸残基,N端的疏水性较强,且位于信号肽处。在217-359氨基酸残基之间有一个DoH的结构域,在26~27氨基酸残基之间有信号肽的剪切位点,蛋白的近末端处有6个跨膜区,并有24个蛋白激酶磷酸化的位点。FRRS1开放阅读框与牛、人、大鼠变异体1、大鼠变异体2同源性分别为90.3%、87.3%、78.6%、78.6%,推测的氨基酸序列同源性分别为86.6%、76.1%、76.4%、76.4%。二级结构预测表明序列前端及中间部分α-螺旋、β-折叠和转角交替出现,近后端有一较长的α-螺旋。组织表达规律分析表明:FRRS1在空肠、升结肠表达量较高,在直肠、肌肉、心脏、肝脏、脾脏有中度表达,在结肠、胃有轻度表达。克隆IREB2基因长2937bp,包含完整的ORF,编码964个氨基酸残基的蛋白质。蛋白的分子量为105.2Kda,等电点为7.63,含有174个酸性氨基酸残基和120个碱性氨基酸残基,蛋白的亲水性和疏水性基本相当。在289-300及670-681氨基酸残基之间分别有一个低复杂性结构。开放阅读框与人、大鼠、小鼠同源性分别为94.8%、91%、91.1%,推测的氨基酸序列同源性分别为100%、93.8%、94%。IREB2整个蛋白位于细胞外,无跨膜区,共有41个蛋白激酶磷酸化的位点。二级结构预测表明N端主要以α-螺旋为主,序列的中间及C端α-螺、β-折叠和转角交替出现。组织表达规律分析表明:在肌肉、十二指肠、空肠高度表达,在回肠、脾脏、十二指肠、心脏、肺脏、盲肠、直肠、有中度表达,在胃、脑、结肠、肾脏有轻度表达。
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