红托竹荪（Dictyophora rubrovolvata）是一种珍贵的食药用菌,其子实体中含有丰富的蛋白质、氨基酸、多糖和维生素等多种物质,具有抗肿瘤、抗氧化、抗菌、抗疲劳和提高免疫力等功效,其营养价值和药用价值极高。红托竹荪目前的生产方式主要以固体菌种工艺为主,但固体菌种生长慢、污染率高、生物转化低、栽培周期长等问题,制约了红托竹荪产业的发展。有关红托竹荪液体菌种研究的报道尚少,其生长发育过程中的分子机理、相关活性成分合成研究都不够深入。本研究根据红托竹荪生物学特性,开展红托竹荪液体菌种的研制、营养物筛选、培养基成分及培养条件的优化,使用不同的主料和辅料制作菌棒,筛选适合制作红托竹荪菌棒的营养物。利用第三代测序技术Naopore对不同生长发育阶段的红托竹荪进行转录组测序和生物信息学分析,揭示探究红托竹荪在生长发育过程中的关键基因和代谢通路,相关活性成分的生物合成途径。本研究报道了食药真菌红托竹荪的不同生长阶段的转录组分析,为进一步研究红托竹荪的活性化合物生物合成及调控提供了重要的资源。1、采用单因素和正交试验,对红托竹荪液体菌种培养基成分和培养条件进行优化,得到最佳的碳源、氮源为葡萄糖和蛋白胨,一级液体菌种的最佳配方为葡萄糖30g/L,蛋白胨1.5g/L,KH2PO42g/L,Mg SO4 1g/L,（NH4）2SO4 1g/L,Vc0.016g/L,IAA 0.0016g/L。最适生长条件为25℃,150r/min、培养20天,二级液体种的最佳装液量为1000mL三角瓶装500ml,最佳接种量为15%,最佳培养天数为15天。2、通过对比红托竹荪菌棒内外部的菌丝长势,结合划线法测定菌丝生长速度,筛选适合红托竹荪菌丝生长的主料和辅料,结果得到当桤木、桦槁木和樱桃木作为菌棒主料、豆粕和麦麸作为菌棒辅料时菌丝浓密粗壮,菌丝生长速度快,得到的菌棒品质最好。3、红托竹荪不同生长阶段转录组分析,获得Clean reads为630,885,562,组装得到87253条Unigene,分别对比到7大数据库Uniprot、KEGG、NR、GO、KEGG Pathway、egg NOG和Pfam数据库,最终获得235148个有效注释的Unigenes,6245个SSR标记,对相邻两时期的差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析,共计得到458个显著富集的基因条目,35个显著富集的代谢途径。4、单加氧酶活性、氧化还原酶、木质素分解、细胞分裂、ATP脱氢酶活性与磷酸化机制、平移延伸因子活性基因和溶酶体通路、cGMP-PKG信号通路、鞘脂类信号、PPAR信号通路、组氨酸代谢通路,这些差异表达的基因和通路与红托竹荪子实体的生长发育、成熟相关。5、组氨酸、苯丙烷类化合物和类固醇激素活性物质的生物合成途径在红托竹荪子实体中差异表达,其中醛脱氢酶、苯丙氨酸裂解酶和β-葡萄糖苷酶和胆固醇7α-羟化酶基因分别在这3个通路中显著表达,可能是作用该通路表达的关键基因。