论文部分内容阅读
氢键在生命活动中扮演着重要角色。生命体系是一个水溶液体系,研究生物分子与水分子间的氢键是十分必要的。 在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,我们引入了氢键拟合函数k1p,H(R1p,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用。本文选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头计算方法下的结合能,来拟合ABEEMσπ/MM方法下的氢键拟合函数。应用该氢键拟合函数在ABEEMσπ/MM方法下计算小分子二聚体的结合能,与从头算方法得到的结合能有很好的一致性。与此同时,将在ABEEMσπ/MM方法下优化的小分子二聚体的氢键键长与键角与从头算结果进行了比较,以进一步检验所拟合的氢键拟合函数的适用性。键长与键角的均方根偏差均在合理范围内。为说明这些函数具有良好的可转移性,本文还对具有同样类型氢键的其他二聚体的结合能、氢键键长和键角进行了计算,所得结果与从头算结果相差不大。 对于每一种类型的氢键,都有其相对应的一套氢键拟合函数的参数。为使一套氢键拟合函数的参数能够计算几种类型的氢键,本文对这些参数进行调整,得到简化的氢键拟合函数的参数。在ABEEMσπ/MM模型下,应用简化的氢键拟合函数对二聚体进行优化与计算。二聚体的结合能与从头算结果相近,优化构型中的氢键键长与键角与从头算结果同样符合良好。因此,简化的氢键拟合函数具有良好的适用性。