利用深度测序技术鉴定枣树及百合病毒

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调查发现,在北京多地的枣树及百合植株上出现了花叶、卷叶、黄化等病毒病症状,经济价值、观赏价值受到了影响。查阅文献后发现,关于枣树及百合病毒病的研究相对较少,本研究拟利用深度测序技术,对表现病毒病症状的枣树及百合进行病毒检测,从而明确病毒种类,丰富枣树及百合的病毒数据库,为枣树及百合病毒病的防治工作打下基础。实验结果如下:1、在枣树植株上发现了四种从未报道的病毒,以及一种新的分离物,分别为:①枣树黄化斑驳相关病毒(Jujube yellow mottle-associated virus,JYMaV)北京分离物,属于无花果花叶病毒科、欧洲山梣环斑病毒属,该病毒由6条RNA链构成,每条RNA只编码一个蛋白,它们依次编码了 RNA依赖的RNA聚合酶、糖蛋白前体、核衣壳蛋白、运动蛋白和未知功能蛋白。②枣树花叶相关病毒(Jujube mosaic-associated Badnavirus,JaBV),是花椰菜花叶病毒科、杆状DNA病毒属的新病毒,该病毒为环状DNA病毒,由4个开读框组成,分别编码了一个未知蛋白、病毒相关蛋白、复制酶和未知蛋白。③中国枣树卷叶伴随病毒(Chinese jujube leafroll-associated virus,CJLRaV),是长线病毒科、葡萄卷叶病毒属的新病毒,该病毒为单链RNA病毒,由7个开读框组成。④苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)枣树分离物,属于乙型线形病毒科、线形病毒属,这是首次在枣树上发现该RNA病毒,它由有2个开读框组成,分别编码了一个复制酶和移动蛋白。⑤中国枣树F病毒(Chinese jujube virus F,CJVF),是伴生豇豆病毒科、蚕豆病毒属的新病毒,该病毒为双组份RNA病毒,RNA1有1个开读框,编码了 RNA解旋酶、逆转录酶;RNA2有1个开读框,编码了运动蛋白、大外壳蛋白、小外壳蛋白。2、在百合植株上发现了四种从未报道的病毒,分别为:①剪秋萝斑驳病毒(lychnis mottle virus,LycMoV)百合分离物是伴生豇豆病毒科、病毒属(未分类)的病毒,该病毒为双组份RNA,RNA1有1个开读框,包含了蛋白酶辅助因子、RNA解旋酶、病毒基因组5’端结合蛋白、蛋白酶、聚合酶;RNA2有1个开读框,包含了运动蛋白、大外壳蛋白、小外壳蛋白。②百合黄脉病毒(Lily yellow vein virus,LYVV),是花椰菜花叶病毒科、玫瑰黄花叶病毒属的新病毒,该病毒为环状DNA,目前获得了运动蛋白、衣壳蛋白、假定蛋白的部分序列。③百合西方黄化病毒(Lily western yellows virus,LWYV),是黄症病毒科、马铃薯卷叶病毒属的新病毒,该病毒为单链RNA,目前获得了 4个开读框,ORFO编码了一个P0蛋白;ORF1编码了一个RdRp P1蛋白;ORF2编码了一个RdRp P1-P2融合蛋白。其他部分尚未完成。④百合内生病毒(Lily endornavirus,LEV),是内源RNA病毒科、内源RNA病毒属的新病毒,该病毒为单链RNA,目前获得了未知区域、糖基转移酶的部分序列,RNA解旋酶、RNA依赖的RNA聚合酶的完整序列,其他部分尚未完成。
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