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百合是世界上集观赏、食用为一体的重要园艺作物，植物学分类上属于百合科(Lilaceae)百合属(Lilium)。为满足对百合的巨大需求，中国主要从荷兰引进了大量的百合鳞茎繁殖材料。带毒鳞茎的引进致使百合病毒在中国传播、蔓延。病毒是百合产量提升的重要限制因素。在中国，百合上的病毒主要有百合斑驳病毒(Llymottlevirus，LMoV)、百合无症病毒(Lilysymptomlessvirus，LSV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus，CMV)。最近，一种新的感染百合的车前草花叶病毒(Plantagoasmticamosaicvirus，PlAMV)被鉴定，该病毒属于甲型线形病毒科(Alphafilexiviridae）马铃薯X病毒属(Potexvirrus)，在美国、匈牙利、荷兰、哥斯达黎加、智利、西班牙、英国、意大利、日本、韩国、俄国和中国均有报道。本研究的主要目的是通过高通量测序(Nextgeneration sequencing，NGS)鉴定百合植物中PlAMV，分析其分子特性，利用RT-PCR和RT-qPCR进行验证。首先，建立3个百合样品的混合池进行高通量测序。测得reads序列用Trinity软件拼接成较长的contig片段，使用NCBI在线分析工具BLASTN进行contig序列的比对分析。基于序列比对结果，设计2对引物扩增百合样品中PlAMV的全基因组序列。同时，从北京、云南和辽宁采集百合样品共计40份，提取总RNA，RT-PCR和RT-qPCR方法检测PlAMV的侵染情况，统计发生率。对PCR产物进行克隆测序，使用MEGA6软件构建系统发育树。 NGS测序拼接后获得一个长度为6174nt的contig，与GenBank数据中的登陆的PlAMV分离物序列一致性为78％to99％。之后，以RT-PCR结合5和3RACE方法从百合‘Siberia’中获得PlAMV的全长基因组，该PlAMV-Siberia分离物全长6101nt。与Potexvirus相似，PlAMV-Siberia包含5个开放阅读框，分别编码156kDa(ORF1)、25kDa(ORF2)、12kDa(ORF3)、13kDa(ORF4)和12kDa(ORF5)大小的蛋白。PlAMV-Siberia全基因组与GenBank数据中的登陆的PlAMV分离物核酸序列一致性为78％to99％，编码区氨基酸序列一致性为49-99％。研究构建了基于ORF1(RdRP)和OFR5(CP)的系统发育树，表明PlAMV-Siberia与PlAMV-Concador分离物关系较近。基于Potexviruses病毒属全基因组的进化发育分析结果表明，PlAMV-Siberia与郁金香X病毒(Tulip virusX,TVX)聚在一起。 最后，本研究设计了特异性引物和TaqMan探针，建立了一步RT-qPCR检测体系，用于快速诊断百合样品中的PlAMV。对已知浓度的总RNA，进行10倍浓度梯度稀释，即从1010到101，制作了RT-qPCR的定量标准曲线。研究比较了传统RT-PCR和一步RT-qPCR方法对百合样品中PlAMV的检测特异性、灵敏性和适用性，发现两种检测方法结果基本一致。使用RT-qPCR检测了来自于北京的40个百合样品，仅5个样品显示PlAMV阳性，检出率为12.5％。相较于传统RT-PCR方法，RT-qPCR操作简单、快速、可靠性高，能够用于对百合中PlAMV的常规检测。本研究首次建立了百合样品中PlAMV的TaqMan探针一步RT-qPCR检测方法。