创新是发展的第一动力,创新驱动发展是目前我国主要遵循的发展战略,是企业在竞争激烈的市场中获得长足发展的重要途径。近几年来,我国研发投入支出总额和支出强度都在稳步增长,但与发达国家平均水平相比还有很大进步的空间。所以,国内外研究者聚焦创新效率主题以及提升创新效率路径的研究。随着《上市公司内部控制应用指引第10号一研究与开发》的颁布,进一步对内部控制在创新活动中的立项与研究、开发与保护方面的相关规范做了阐述。而相对于主板上市公司,创业板上市公司披露内控报告的规范性与质量较低,因此,本文主要研究创业板上市公司的内部控制有效性的提升能否对创新效率产生促进作用,进一步分析其作用机理。本文以2015-2020年创业板上市公司作为研究对象,选取3049个有效数据样本。首先,本文采用DEA模型测算了创新效率。其次,本文将内部控制有效性和创新效率纳入同一模型中进行实证验证。最后,本文还将股权集中度、股权制衡度和高管持股比例作为调节变量,纳入相关模型中进行了更深入的研究。结果表明:（1）创业板上市公司的创新效率随时间变化先上升后下降,可能是受到宏观环境波动的影响,出现非抗力因素造成经济波动。从而导致企业经营策略改为经营为主、创新为辅,最终导致创新效率出现短暂的降低趋势。（2）内部控制有效性与企业创新效率显著正相关,且在非国有企业中更显著。体现了有效的内部控制会缓解代理冲突和融资约束问题,促进创新效率的提升。（3）股权集中度、高管持股比例对内部控制有效性与企业创新效率之间的关系具有正向调节作用,股权制衡度对内部控制有效性与企业创新效率之间的关系具有负向调节作用。（4）内部控制有效性对企业创新效率的正向影响在工业企业和企业所在地区市场化程度高的样本中更显著,体现了行业和市场化程度异质性的影响。本文聚焦于研究在不同股权结构特征下,内部控制有效性对企业创新效率的影响。最终结合实证结果及创业板上市公司的发展现状,从政府层面、企业层面和社会层面共提出了多个建议,以期解决内部控制体系建设不完善和股权结构不合理导致的创新效率不足的问题。内部控制有效性对企业创新效率的影响机理较为复杂,未来还需要更深入的研究。