【摘 要】
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软刺裸裂尻鱼（Schizopygopsis malacanthus）是青藏高原特有鱼类,由于青藏高原地质活动频繁,造成软刺裸裂尻鱼栖息地环境破碎化,限制了软刺裸裂尻鱼的发展。本研究通过线粒体分子标记与高通量测序技术,探讨了软刺裸裂尻鱼玉树群体和雅砻江群体之间的遗传分化关系,对青海省玉树州通天河水系3个软刺裸裂尻鱼野生群体（隆宝滩国家自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游）的遗传多样性和肠道微生物多样性
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软刺裸裂尻鱼（Schizopygopsis malacanthus）是青藏高原特有鱼类,由于青藏高原地质活动频繁,造成软刺裸裂尻鱼栖息地环境破碎化,限制了软刺裸裂尻鱼的发展。本研究通过线粒体分子标记与高通量测序技术,探讨了软刺裸裂尻鱼玉树群体和雅砻江群体之间的遗传分化关系,对青海省玉树州通天河水系3个软刺裸裂尻鱼野生群体（隆宝滩国家自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游）的遗传多样性和肠道微生物多样性进行研究,为玉树软刺裸裂尻鱼种群的管理和保护提供科学依据。主要研究结果如下:1.软刺裸裂尻鱼线粒体DNA 16S rRNA、Cytb、D-Loop单个序列的遗传多样性分析结果:玉树群体与雅砻江群体的167条D-Loop序列（604bp）共定义了46个单倍型。经过遗传分化指数、AMOVA和单倍型NJ树构建,发现玉树群体与雅砻江群体之间存在显著的遗传分化。在91条16S rRNA序列（1096bp）中检测出13个单倍型,3个种群的单倍型多样性在0.359-0.713之间,核苷酸多样性在0.0014-0.0028之间。在86条Cytb序列（1099bp）中,共定义了20个单倍型,3个种群的单倍型多样性在0.580-0.856之间,核苷酸多样性在0.0042-0.0145之间。在72条D-Loop序列（610bp）中,共定义了16个单倍型。3个种群的单倍型多样性在0.438-0.676之间,核苷酸多样性在0.0034-0.0086之间。经过遗传分化指数、基因流、单倍型NJ树和网络图构建,隆宝滩种群和巴塘河种群之间存在显著的遗传分化。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。2.基于线粒体DNA 16S rRNA、Cytb、D-Loop序列联合分析软刺裸裂尻鱼的遗传多样性,结果表明:在63条序列（2805bp）中共定义了29个单倍型。3个种群的单倍型多样性在0.658-0.913之间,核苷酸多样性在0.0032-0.0093之间。经过遗传分化指数、基因流、单倍型NJ树和网络图构建,隆宝滩种群和巴塘河种群之间存在显著的遗传分化。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。3.对16S rRNA基因的V3-V4区域进行高通量测序,分析巴塘河和隆宝滩软刺裸裂尻鱼的肠道微生物菌群多样性,结果表明,巴塘河种群的多样性显著高于隆宝滩种群,丰富度无显著差异。两个地理种群在门、纲、属水平上均有显著差异类群。软刺裸裂尻鱼肠道菌群按照不同水系产生明显聚集。功能预测结果表明巴塘河软刺裸裂尻鱼肠道中外源生物降解与代谢、氨基酸代谢的丰度较高;隆宝滩软刺裸裂尻鱼肠道中多糖生物合成与代谢的丰度较高。4.根据本研究结果,软刺裸裂尻鱼玉树群体和雅砻江群体之间的遗传分化程度较高,并且建议将玉树巴塘河水系种群和隆宝滩种群作为两个进化显著单元分开进行管理保护;在保护软刺裸裂尻鱼种质资源的同时,要加强对水体环境和食物来源的监测,为软刺裸裂尻鱼的科学化管理提供更全面的理论依据。
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