为了解决区域经济和生态环境发展之间的问题,国家出台了根据生态环境与自然资源状况而分区域管理的全国主体功能区政策,其中以生态环境保护为功能定位的生态功能区是主体功能区的类型之一,连州市（清远市的县级市）在2016年被纳入第2批国家重点生态功能区县域名单内。基于以上政策背景,本文通过研究连州市主体功能区实施现状,找出政策存在问题及分析其原因,进而提出连州市发展政策优化的相关建议。本文主要运用访谈法调研法、统计分析法、对比分析法等常规分析方法以及扎根理论法、层次分析法和模糊综合评价法,通过构建绩效评价体系的方式进行政策评估,分析连州市主体功能区发展政策实施现状,研究得出:连州市发展现状与功能区政策目标仍有有一定的差距,连州市区域发展定位布局与各级主体功能区政策战略保持较高的契合度。连州市发展情况与主体功能区政策契合度总体较高,主体功能区政策的实施对连州市的经济发展在短期内有一定的抑制作用,对人民生活的改善作用比较不明显,但是对社会发展来说短期打击、总体向好,对环境保护方面短期有促进作用。本文通过分析连州市主体功能区政策存在问题,研究得出其原因并归纳出以下三对显性矛盾:经济发展需求较大与产业准入政策工具限制之间的矛盾、社会民生水平较低与生态补偿政策工具欠佳之间的矛盾、生态正外部性价值与价格政策工具不匹配之间的矛盾。基于以上分析,本文提出的优化建议是:在宏观层面上,主体功能区基于国家双循环新发展战略、“粤湘”省际区域政策方向上优化;中观层面上,结合粤北片区生态发展方面的广东省“一核一带一区”战略、粤北生态特别保护区战略、振兴粤东西北区域发展战略,同时利用“广清一体化”城际发展政策中的多方面合作与帮扶细化政策工具,对连州市发展政策布局进行优化;微观上,连州市应该在发展定位政策工具、绿色生态产业政策工具、主体功能区考核与补偿政策工具、城乡发展政策等市县层面辅助政策工具方面优化具体实施政策。