本文以肉牛瘤胃液为菌源，从中筛选产蛋白酶霉菌，形态观察和分子鉴定确定菌株种属之后，进行蛋白酶基因克隆，并对该菌株产酶条件进行优化。为寻找新的蛋白酶来源，继而能开发出生产需要的蛋白酶提供理论依据。本试验从瘤胃液分离得到34株米曲霉菌，通过酪蛋白水解圈法初步选出16株产蛋白酶菌株，通过HE值和蛋白酶活性综合比较，选出其中酶活最高的一株A18，其蛋白酶酶活为415.82u/ml。通过形态观察之后，发现该菌株生长特性及形态与曲霉属的米曲霉极为相似，所以判断为米曲霉。进一步通过对18S rDNA中一段长1800bp的序列进行分析，发现其与米曲霉rDNA序列高度同源，相似性达到99%。结合形态学特征，该菌株确定为米曲霉。为了在分子水平研究探讨该菌产生蛋白酶机理。本试验提取了米曲霉总RNA，成功克隆出了中性蛋白酶基因（Npi）、碱性蛋白酶基因（Alp）。Npi基因片段长1905bp，共编码634个氨基酸，蛋白质的分子式为C3057H4652N838O974S13，相对分子质量为69.1443kD，理论等电点是5.07.理论推导半衰期大于20h，不稳定参数为21.94，属于稳定蛋白。Alp基因片段长1212bp，共编码403个氨基酸，蛋白质的分子式为C₁₈₇₈H₂₉₆₄N_520O60₃S₃，相对分子质量为42.5714kD，理论等电点是5.95.理论推导半衰期大于20h，不稳定参数为34.4，属于稳定蛋白。为了更加准确的得到该菌株最佳产酶条件。本试验利用单因素和响应面分析法对产酶条件进行优化，获得了最佳产酶条件。单因素试验确定了最佳接种量为4%、最佳培养温度为30℃、最佳培养时间为60h，通过响应面分析法设计试验，得到最佳产酶条件为：接种量3.67%、培养温度28.57℃，培养时间54.59h。为试验方便，将菌株A18在接种量4%、温度29℃、时间55h的条件下进行验证发酵培养，连续多次重复试验，产酶稳定性较好，最高酶活可达527.57u/ml，比优化之前提高了22.6%。