作为现代社会中最重要的组织机构之一，大学的社会职能已经超越了教育与科研，与社会经济发生了难以割裂的联系，服务市场逐渐成为高校第三职能。高校职能的实施状况，及其与产业部门等其他社会组织之间的联系，对于一个国家的创新能力和可持续发展具有举足轻重的影响。中国高校能否充分发挥自身的作用，对于面临工业化和知识化双重挑战，实施和平崛起战略的中国尤为重要。但迄今国内学术界尚缺乏专门而系统的研究。本论文从大学在国家创新系统中的地位和作用入手，以纵向历史考察为经：大学提供教育和培训，因而天然地成为国家创新体系中的一个主体，20世纪以后，某些内在与外在因素的共同作用使得大学以更复杂的方式参与国家创新系统成为必然--大学不仅是创新系统中作为基础研究提供者的学术界的典型代表，而且通过与产业界的互动所形成的复杂网络日益深入地参与到国家创新系统中；以横向比较分析为纬：对比国外大学在国家创新系统中的地位与作用，结合我国的实际情况，对我国大学在国家创新系统中的职能及其与其他主体的关系问题进行了归纳分析。针对关于国家创新系统中大学定位这一争论焦点，本文指出争论其实在于大学和产业界的关系问题，或者说是大学在何种程度以何种方式参与市场的问题。由此将镜头对准我国大学与产业界边界日益模糊的商业化技术转移模式，通过研究中国大学实施技术转移的各种模式，分析我国国家创新系统中大学参与市场的程度和方式及其客观原因，并根据这些模式对促进技术转移和产业发展的重要性从中确定作为以后章节的研究重点--合作研究模式与高校科技企业模式。本文采用问卷调查和统计分析的方法对合作研究模式的动机、效果及其影响因素进行了实证研究，得到了一些结论：大学和企业参与合作研究的强势动机都指向资金需求，企业信任大学的基础研究能力，但在主观动机上则视利用大学研发资源解决应用研究及商业化生产为次优方案；大学参与合作研究的动浙江大学博士学位论文机与其效果之间不具有相关性;对合作研究效果影响因素的实证分析进一步证明了大学与企业是国家创新系统中关系密切但职能不同的两个主体，大学以教育培训和基础研究为己任不仅有助于大学学术能力的提高而且最终有利于企业技术的发展，但大学对于资金的现实需求又使得大学在基础性学术研究与商业化应用研究之间艰难地寻求某种平衡。作者希望通过实证研究对前文的规范研究提供佐证，并为后面的政策建议提供实证基础。 对于大学科技企业模式的研究则采用案例分析的方式进行。以清华紫光为例，说明大学科技企业模式是在我国特定时期的特定历史条件和制度环境下发展出来的，其产生有着一定的历史必然性。只要我国风险资本市场不完善、产业界创新能力不得到根本性提高，大学科技企业就会存在下去，企业与学校之间的博弈也会存在下去。一方面大学科技企业并不是真正意义上的市场主体，但是参与市场就需按市场规则游戏;另一方面大学最终掌握实际控制权因而大学科技企业还需满足大学设定的目标，这必然导致矛盾的产生。从长远来看，积极从事基础性知识生产的研究型大学对经济的推动、对国家创新系统发展的作用是根本性的。大学与市场的联系必须在尊重这一原则的条件下进行，才会给大学和产业界双方带来持久的收益。 在此基础上，文中提出若干政策建议:重构国家创新系统中各主体的关系，建立多元化的大学体系，正确处理高校直接涉足经济活动、创办并运营企业的独特现象，培育风险资本市场，大力建设催生衍生企业的环境。并对该课题未来的研究方向提出展望。关键词:大学，国家创新系统，参与模式，合作研究，大学科技企业