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川渝地区是我国茶叶主产区,也是茶树原产地之一;产茶历史悠久,茶树资源丰富。本实验使用30个平均分布于茶树15个连锁群上的SSR标记,以12份省外引进的茶树品种为对照,对川渝地区的40份已审定的茶树品种和70份选育的新品系进行了遗传多样性及亲缘关系分析;并根据SSR标记的基因型,筛选出9个核心标记用于构建川渝茶树品种(系)的指纹图谱。以鉴定四川主要茶树品种和育种材料的遗传多样性,分析不同时期品种多态性、杂合度的差异,并为新品种选育和登记提供依据。主要研究结果如下:1.从发表的遗传连锁图谱中筛选出30对多态性高、易于统计的SSR引物。每对引物的等位基因数(NA)为4~8个,基因型数(NG)为6~29个,有效等位基因数(NE)在1.939~5.966之间,平均为3.491个;引物的多态信息含量(PIC)较高,平均为0.681。2.利用30对SSR引物,分析川渝茶树品种资源的遗传多样性和亲缘关系,30个位点共观测到159个等位基因,Shannon多态性指数(I)平均为1.397,Nei’s遗传多样性(H)平均为0.699,平均观测杂合度(Ho)为0.630。按照品种审定的时间来看,2005年及以前选育品种的Shannon多态性指数(I)、Nei’s遗传多样性(H)和观测杂合度(Ho)皆高于2005年以后选育的品种;这反映了2005年后茶树育种方式以系统育种为主,育种方式较为单一,使审定品种的遗传多样性水平下降。同时选育70份新品系的Ho、I和H也低于40个审定川渝品种,说明遗传多样性水平下降的趋势仍在延续。聚类分析将川渝110份品种(系)分为4个类群,聚类的结果主要与材料的遗传背景相关。3.DNA指纹图谱鉴定技术从分子水平上反应植物的差异,而且具有简便、迅速等优点,非常适合用于茶树品种鉴定。利用上述30对SSR引物鉴别供试材料,结果显示122份供试材料均拥有不同的基因型,相似度最高的两个材料之间也有8对引物的基因型不同,说明已审定的40个品种和选育的70份新品系在DNA水平上具有特异性,为茶树新品种登记提供了依据。基于这30对引物的扩增条带读取的难易程度、PD值、NE值和PIC值,从中筛选出了9对核心引物。这9对核心引物有较高的鉴别能力,理论上任意两个材料可能混淆的概率为6.0×10-10,在全同胞家系中可能混淆的概率为2.4×10-4;利用这9对核心引物构建了川渝40份茶树品种和70份新品系的DNA指纹图谱,为茶树品种的鉴别和品种权的申请与保护提供了分子水平的证据。今后,为进一步加强川渝茶树种质资源研究,在研究川渝茶树茶树品种、新品系遗传多样性的基础上,更需要进行优异种质资源和重要功能基因发掘,以提高资源利用效率,进而加速茶树育种进程。同时,鉴于供试材料的遗传多样性水平呈下降的趋势,为提高川渝茶树品种(系)遗传多样性水平,应改变育种方式单一(主要采用系统育种方法)的现状,不断提高育种的手段和水平,多应用杂交育种方法,以提高育种水平。