高校合并办学作为我国高等教育体制改革的重要形式和措施之一，其合并后如何发展，即合并后的发展模式与战略选择是许多合并类高校一直在思考与探索的重要问题。本课题研究认为，市场经济理论、科学技术发展规律、高等教育自身发展规律、系统科学、现代战略研究的一般理论与方法、可持续发展的一般理论与观点等对合并高校发展战略研究具有重要的理论借鉴和方法论指导作用；合并办学为高校的发展提供了良好的机遇与平台，发展是合并办学高校的主题，合并高校在总体上应确立全面、协调、可持续的科学发展观；在发展策略上，合并高校必须科学编制发展战略规划，注意分析和处理好机构合并与内在融合、集中管理权限与管理重心下移、巩固改革成果与不断推进改革、拓展外延与丰富内涵、当前利益与长远发展等几种关系，同时，应及时将工作重心转移到学校内涵发展上来，以学科的融合与发展作为战略重点的选择；高校合并后在发展中一般都会面临几个不能逾越的难点问题，如多校区管理问题，富余人员分流问题，农学等特殊学科专业在合并类综合性高校中的发展问题等等，要解决这几个特殊性发展问题，并没有一套行之有效的现成模式可循，需要合并高校在实践中不断加以研究、探索和总结；合并高校在明晰了自身发展目标之后，必须对实现目标的过程予以足够的重视，对学校建设和全局发展作出谋划，选择并实施有利于学校发展的战略，将战略管理置于高校管理的核心地位。