系统进化分析是生物信息学中的重要研究领域，它的主要研究手段是从一组同源的DNA或蛋白质序列出发，计算各个序列之间的进化距离，进而构建反映物种进化关系的进化树。构建进化树的方法主要分为三类，即距离法、简约法和似然法。其中，距离矩阵法以结构简单，具有良好的理论基础等特点获得广泛应用。本文将对距离法做一些探索性的改进研究。基于距离矩阵法是构建进化树方法中比较常用的一类方法，但是传统的基于距离矩阵法是建立在序列比对基础上的，使一些主观因素破坏数据的原始状态，导致计算结果因人而异。并且序列比对提高了进化树构建的成本，经过序列比对得到的距离易受序列长度影响，与真实进化距离的差别较大。所以本文为了解决这个问题，提出了新的相似距离度量算法-离散度量，这种度量法度量序列之间的距离不需要序列比对，没有主观因素干涉，而且比较直观，计算量小。并在此离散度量的基础上，提出来一种横纵法的改进算法，原横纵法在构造出连通图后，需要对所有的边的权重进行排序，而改进后的算法不需要进行排序，构造连通图的同时就可以直接构建进化树。基于离散度量的距离矩阵法是建立在信息理论法基础上提出来的。这种方法是在先将分子序列转换成可以让现有的线性代数、统计理论、信息理论等数学工具处理和分析的对象，进而再定义向量之间的两两相似度或不相似度。在文中采用信息增益来度量序列之间的相似性。该方法首先运用K串对DNA序列进行编码，提取序列之间的共同之处，然后计算信息增益来表示两两序列之间的相似度，再构建相似距离矩阵，然后在该相似距离矩阵的基础上构建进化树，并与其他方法进行了比较。基于LabVIEW平台的进化树构建系统，可以方便的从Excel或TXT文件中批量导入相似距离矩阵数据，并以图形化的形式表示出相应的进化树。为了评估该基于离散度量的构建进化树的方法，本文选取了10种胎生哺乳动物的线粒体全基因序列作为实验数据，并采用PHYLIP软件中的Neighbor.exe程序来评估的，通过做实验来验证算法的可行性。