在现存的五个虎亚种中，华南虎(Panthera tigris amoyensis)是唯一属于我国特有的虎亚种，目前已几近野生绝迹，因此圈养华南虎种群成为了该亚种复壮的唯一后备。现存圈养华南虎的种群基础数量很小，仅源于6个野生华南虎奠基者，且自1970年起就再没有引入野生血统来改良血缘关系，因此近亲繁殖始终无可避免，并且会越来越严重，从而导致华南虎圈养种群遗传多样性不断减少，使其面临遗传衰竭，威胁个体生存和种群繁衍。因此，对华南虎圈养种群遗传多样性的调查和评估成为了一项紧迫的任务。 线粒体DNA作为理想的遗传标记已被广泛应用于珍稀濒危动物的保护生物学和群体遗传学研究。在线粒体DNA的所有编码基因中，NADH脱氢酶亚基5(ND5)基因显示出了相对较高的突变速度，并已被证明适用于对猫科动物进行系统发育分析及种群遗传多样性分析。本研究首次考查了圈养华南虎线粒体ND5基因序列多态性，从该角度对华南虎圈养种群遗传多样性做出评估并提出了相应的圈养管理的建议。 本研究对46只圈养华南虎ND5基因部分片段(345bp)进行测序，仅得到只具一个变异位点(位点172)的两种单倍型，其中41只华南虎为单倍型Ⅰ(第172位碱基为T)，5只为单倍型Ⅱ(第172位碱基为C)。该结果反映出来的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.198±0.072和0.057％±0.021％，显示出极低的遗传多样性。用Tajima D值进行中性检验，获得了不显著负值(D=-0.17787)，推测其主要原因是该种群近期经历过奠基者效应和随后的种群扩大。 此外，本研究观察到明显的单倍型分布偏向，即单倍型1个体占大多数，其比例约为89％(41/46)。结合华南虎圈养历史，推断造成这种单倍型分布偏向的原因主要来自于奠基者单倍型组成、个体繁殖能力的不同以及圈养过程中的人为干预。因此建议在圈养管理中，应注意保护单倍型11个体，并结合谱系制定合理的配种计划，使单倍型II不至于丧失而导致遗传多样性降低加剧。