农业税取消后,我国农村基层政权普遍陷入了危机,广大农村出现了公共产品的供给问题、乡村债务问题、乡镇财政运行问题等一系列问题。本文选取我国中西部传统农业区县的县乡村治理结构作为研究对象,理由在于这类县、乡镇、村是我国县、乡镇、村的主体,其存在的众多问题具有一定的代表性。通过对我国乡村治理结构现实状况的理论梳理和农业税免除的原因及农业税免除后我国乡村治理结构改革中存在的问题的分析,指出了我国在县乡村治理结构改革过程中理论和实践方面的误区,以及产生这些问题的体制性成因,即城乡分治的二元体制。长久以来,我们把农村框定在间接为城市服务的位置上,而不是为乡村居民服务。通过对县级治理在县乡村治理结构中的弱势地位、乡镇政府的角色困境和村民自治制度不完善这三个我国县乡村治理结构中主要问题的分析,得出了县、乡、村的资源和优势各有不同,它们在县域经济发展中存在较强的互补效应,所以应从发展县域经济和重构县域公共服务体系的角度来调整目前的农村治理结构思路,即:在公共财政体制改革、历史遗留的乡村债务问题解决等一系列改革的配合下,强化县政在区域经济发展中的作用,激发县域经济的活力;打破地域分割,重建县域公共服务体系;通过并乡精镇提高小城镇的辐射能力;转变乡镇政府的权力单向来源问题;明确乡镇政府的角色定位,切实转变其职能;加强村域合作、以专业化合作组织重构村民自治制度;建立农民自己的组织,加强对基层政府的监督与约束等具体改革措施,实现基层治理结构的创新,重构县乡村治理结构,从而实现农村社会的稳定、和谐与繁荣,推动社会主义新农村建设,让包括广大农民在内的全体人民共享改革发展的成果。