当前,中国经济正处在转型升级的关键时期,传统的高速增长模式正被逐渐摒弃,转而追求高质量发展,创新越来越成为国家发展的重要推动力量。企业作为国家经济重要参与者,是国家创新能力的微观体现,企业创新能力不仅是其自身持续发展的动力所在,也是实现经济高质量发展的关键驱动因素。研发投入被视为企业保持创新能力的不竭源泉,不仅能降低生产成本,提高劳动效率还能帮助企业获取超额利益。另外,企业发展离不开管理者的参与,高管人员是企业生存和发展的核心因素,负责企业运营管理,掌握公司重要资源,对研发创新等重大战略具有决策能力,针对高管进行合理激励措施对企业创新和发展具有重要作用。那么,高管股权激励的效果怎样,能否促进企业研发支出?研发投入如何提升企业绩效?三者之间是否存在相互影响的内生关系?对于这些问题的回答将有助于深化创新理论在企业层面的微观解释,对促进企业转型升级具有一定借鉴意义。本文在对已有文献的研究基础上,基于委托代理理论、激励理论和创新理论对高管股权激励、研发投入和企业绩效三者间的关系进行了理论分析,提出了相应研究假设。选取241家创业板上市公司为研究样本,建立联立方程模型进行实证分析,验证了三者间的内生关系,并在不同行业做了进一步探究。结果表明:(1)高管股权激励对企业绩效具有显著正向关系,企业绩效对高管股权激励也具有显著正向影响,二者为互为因果的内生关系;(2)高管股权激励显著正向影响研发投入,研发投入显著正向影响高管股权激励,二者为互为因果的内生关系;(3)当期研发投入显著负向影响企业绩效,滞后研发投入显著正向影响企业绩效,而企业绩效则显著负向影响研发投入,二者为互为因果的内生关系;(4)高管股权激励、研发投入与企业绩效三者间存在内生关系;(5)不同行业之间存在差异。技术密集型行业中三者内生关系仍然成立,研发投入对企业绩效的促进作用尤为明显,资本密集型行业中三者间内生关系也得到了验证,高管股权激励对于企业绩效及研发投入的正向作用较为突出;劳动密集型行业中三者关系无法得到验证,且高管股权激励已沦为一种福利制度安排。最后,根据本文研究结论,从加大研发创新、制定合理股权激励政策、确定企业发展战略等方面提出相关政策建议。