马厂箐铜钼金矿床是“三江”成矿带上与喜马拉雅期富碱斑岩有关的典型矿床之一,产于印支板块与扬子板块碰撞构造环境。研究表明,马厂箐所处区域经历了早二叠世的洋壳俯冲、中三叠世的碰撞造山、晚三叠世的造山后延展,第三纪初期进入陆内汇聚造山阶段,受青藏高原碰撞隆升影响,形成了一系列走滑拉分盆地、金沙江-哀牢山断裂带和斑岩带。该区岩浆活动频繁,壳幔作用活跃,构造运动复杂,各圈层的物质及能量交换频繁、成矿作用显著。通过对围岩蚀变的研究,表明钼矿段蚀变分两期:早期微晶硅化和泥晶碳酸盐化,晚期伴随进一步细粒硅化而叠加黄铁矿化和辉钼矿化;铜矿段与硅化、碳酸盐化和黄铁矿化密切相关;金矿段有硅化和碳酸盐化;并发现在矿化蚀变中贯穿有黑色不透明物质,通过电子探针分析,测得其物质组成以硅酸盐为主,初步分析研究认为,该黑色不透明物质是一种具熔浆性质的流体经快速过冷凝形成的超显微隐晶固体,是地幔流体参与成矿作用的一种现实微观踪迹,也是引发围岩蚀变和壳幔混染叠加成矿的重要物质源和动力源。通过同位素地球化学示踪研究表明:在马厂箐钼(铜)矿段,成矿物质和流体来源显示幔源为主;在乱硐山铜(钼)矿段,则显示壳幔混源;在金厂箐金矿段,显示以地壳来源为主,由此得到一般规律为:从钼矿段→铜矿段→金矿段,其成矿物质和流体来源的壳幔混染中,幔源混染逐渐减弱,壳源混染逐渐增强。通过对矿石、脉体、矿化围岩的稀土和微量元素地球化学研究发现,各类样品的稀土配分模式在明显富集轻稀土的基础上,表现轻微负Eu异常,而LREE富集是地幔流体作用的显著特征之一;矿石、脉体及矿化围岩的微量元素配分模式总体表现大离子亲石元素和高场强元素相对富集。综合研究表明,马厂箐钼铜金矿成矿作用过程可能统一受制于富集LREE的地幔流体作用,其作用机制可以概括为:当富碱岩浆携带地幔流体向地壳运移过程中,若系统封闭较好,地幔流体则伴随富碱岩浆的结晶过程对富碱斑岩进行同步自交代蚀变,在斑岩体内或其深部形成钼(铜)矿床;若在此成岩成矿的过程中发生构造扰动,则地幔流体进入富碱斑岩与围岩的接触带或紧邻接触带的地层围岩中进行交代蚀变成矿,形成接触带型铜钼(伴生金)矿床;若岩浆和流体运移的深大断裂体系发育,环境处于相对开放,则地幔流体伴随富碱岩浆的成岩过程而脱离岩浆沿分支断裂通道进入远离岩体的不同地层岩石中进行交代蚀变成矿,构成蚀变岩型金矿。由此构成马厂箐钼铜金矿床的成矿分带和系列成矿。