海峡两岸经济合作关系的研究探讨一直是学界的热点。本文旨在立足前人研究成果，运用经济学理论，结合当代世界经济形势，特别是两岸先后加入WTO和两岸经济合作机制发展的新趋势，以辨证思维去分析两岸的贸易和投资关系、加入WTO后经济交流的新动向以及未来两岸经济交流的合作机制等问题。研究重点在于：首先，结合国际贸易理论，利用数据指标，考察海峡两岸商品贸易关系的沿革与发展特征，并分析两岸的比较优势对产业分工的作用；其次，结合国际直接投资理论，对海峡两岸直接投资关系进行分析，着重分析当前台商对大陆投资的动机变化和影响；第三，阐述海峡两岸目前亟待解决的三通问题，三通问题是两岸经贸合作的关键，而海上货物运输又是三通的关键，因此把分析重点放在这一问题上；第四，分析加入WTO后，两岸贸易和投资关系的推进和演化；最后一部分依据区域经济一体化理论，对海峡两岸经贸未来的合作机制提出了自己的构想。研究目的在于，将海峡两岸作为一个整体来考察认识，揭示两岸经济之间的内在联系和互补互动关系，探索实现两岸经济资源优化配置的可能模式和途径。