民办高校法人治理结构是在出资者、决策者、管理者和教职工等利益相关者之间建立的有关学校运营与权力配置的一种组织结构。研究我国民办高校法人治理结构对实现民办高校有效治理,建立现代化大学制度具有重要意义。我国民办高校法人治理结构是在借鉴公司治理结构的基础上发展起来的,体现了分权制衡的基本特征。民办高校法人治理结构在经历了萌芽探索时期的松散治理、扩张发展时期的规范治理之后逐步成熟完善,走向共同治理。与此同时,相关法律法规也得到完善,但依然缺少一部针对民办高校的专门立法。本文还对美国私立大学董事会制度下的分权治理结构以及私立大学三权分立基础上的横向治理结构进行研究发现它们都有清晰的治理结构、独立的监督机构和专门的法律规定。通过以上研究发现我国民办高校法人治理结构存在的主要问题是董事会成员结构不合理;独立的监督机构缺失;教职工的参与权未得到保障;相关法律制度不健全四大方面。健全我国民办高校法人治理结构,应进一步构建多元化的董事会成员结构;建立以监事会为主的监督机构;完善教职工参与治理机制;完善有关民办高校法人治理结构的法律制度四个方面来进行。具体而言,保证董事会成员多元化的同时建立合理的董事会成员准入制度;规范监事会主体,明确监事会职责以及建立系统的监事会运行程序;建立和完善教职工代表大会制度,加强对教职工民主管理和民主监督权的保障;出台一部专门的立法并完善现有的相关法律制度。