【摘 要】
：
背景:头颈癌最常见的癌症是头颈鳞状细胞癌（HNSCC）,头颈鳞状细胞癌是人类最常见的恶性肿瘤之一,是全球第六大最常见的癌症原因。本研究通过对头颈鳞状细胞癌转录组测序数据及患者生存、临床资料进行生物信息分析,构建一种与糖基化相关基因组成的预测标签,作为预后风险标志物。研究方法:1、TCGA癌症基因组图谱获得HNSCC和癌旁组织的基因表达谱的数据及患者生存、临床资料。2、结合分析GSEA中的5个糖基化
论文部分内容阅读
背景:头颈癌最常见的癌症是头颈鳞状细胞癌（HNSCC）,头颈鳞状细胞癌是人类最常见的恶性肿瘤之一,是全球第六大最常见的癌症原因。本研究通过对头颈鳞状细胞癌转录组测序数据及患者生存、临床资料进行生物信息分析,构建一种与糖基化相关基因组成的预测标签,作为预后风险标志物。研究方法:1、TCGA癌症基因组图谱获得HNSCC和癌旁组织的基因表达谱的数据及患者生存、临床资料。2、结合分析GSEA中的5个糖基化相关基因集与头颈鳞状细胞癌和正常组织间筛查出表达差异最显著的基因集,并使用单因素及多因素COX比例回归模型进行预后糖基化相关基因表达的筛选构建预后风险标志物。筛选得到11个糖基化相关基因并得到各自独特的回归系数与患者组织标本的基因表达值,计算每位患者风险评分值（Risk score）。风险评分值=（PSMC1的表达水平x 0.549384）+（NAGK的表达水平x-0.35266）+（AREG的表达水平x 0.133426）+（DDOST的表达水平x-0.31938）+（ATP6V1E1的表达水平x 0.424889）+（PLOD2的表达水平x0.149545）+（TMED10的表达水平x-0.34939）+（ALG5的表达水平x 0.323277）+（ARF3的表达水平x 0.617688）+（OST4的表达水平x0.407259）+（KDELR1的表达水平x 0.37953）。3、KM曲线用于分析预后风险标志物对头颈鳞状细胞癌患者预后的预测能力,ROC曲线验证预后风险标志物的预后效能。使用c Bio Portal for Cancer Genomics在线工具分析筛选得到的头颈鳞状细胞癌糖基化相关基因的突变。4、单因素及多因素COX回归分析糖基化相关基因组成的预后风险标志物与其他临床变量的相关性。5、进一步分析预后风险标志物的各个基因在头颈鳞状细胞癌及正常组织的差异性表达,并分别对预后风险标志物对头颈鳞状细胞癌患者预后的预测能力。结果:1、获得头颈鳞状细胞癌患者499例及癌旁组织44例的基因表达谱和相应的临床信息。5个糖基化相关基因集与头颈鳞状细胞癌中表达活跃,筛查出差异表达显著的预后相关基因PSMC1、NAGK、AREG、DDOST、ATP6V1E1、KDELR1、PLOD2、TMED10、ALG5、ARF3及OST4组成的预后风险标志物。2、整个数据集中的499例患者根据风险评分中位值分为高风险组（n=249）和低风险组（n=250）。分析高低风险组与患者预后相关性,结果发现,与低风险组患者比较,高风险组患者与总体生存时间均显著降低（P<0.001）。ROC分析预后风险标志物的预后效能,结果提示该预后风险标志物在预测患者预后方面表现出良好的效能。3、我们发现11个糖基化相关基因组成的预后风险标志物可以独立于临床相关变量预测患者预后,结果发现Risk score依然是与患者总体生存时间呈显著相关性,提示该预后风险标志物可能为头颈鳞状细胞癌患者的独立预后因子。结论:1、PSMC1、NAGK、AREG、DDOST、ATP6V1E1、KDELR1、PLOD2、TMED10、ALG5、ARF3及OST4组成的预后风险标志物可能是头颈鳞状细胞癌预后的独立风险因素。2、本研究构建了一种与糖基化相关的预后风险标志物作为头颈鳞状细胞癌患者预后标志物,为头颈鳞状细胞癌的研究和个体化治疗提供了新的思路和分子靶点。
其他文献
目的:对比研究三种新型抗癫痫药物（Antiepileptic drugs,AEDs）左乙拉西坦（Levoethylacetam,LEV）、托吡酯（Topiramate,TPA）、拉莫三嗪（Lamotrigine,LTG）与传统抗癫痫药物丙戊酸镁缓释片（Valprote magnesium,VPM）对女性性功能的影响,旨在为女性癫痫患者的临床用药提供指导。方法:入组女性癫痫患者的诊断符合国际抗癫痫联
目的:调查桂林医学院附属医院肾内科Ig A肾病（Ig AN）患者中尿液上清液血管抑素、血清血管抑素、NLR、PLR的表达水平,与临床指标做相关分析,探讨Ig A肾病患者尿液、血清中血管抑素、NLR、PLR的表达及临床意义。方法:选取2017年11月至2021年1月在桂林医学院附属医院肾内科肾活检确诊、及门诊规律随诊的Ig AN患者共计102例作为实验组,20例健康体检者作为对照组;收集所有研究对象
目的:系统评价抗苗勒管激素（AMH）作为一种潜在的精子发生标记物,对非梗阻性无精子症（NOA）患者外科取精术结局的预测价值及其存在精子发生的诊断价值。方法:两名研究者根据事先制定的检索策略,独立并系统地搜索了Pub Med,EMBASE,Web of Science,Cochrane library,中国知网（CNKI）,万方数据库,中国科学期刊数据库（VIP）和中国生物医学数据库（CBM）中有关
目的:探讨经皮肾镜碎石术中术后发生严重出血的风险因素并建立其风险预测模型。方法:选取我院泌尿外科2018年1月至2019年6月363例因上尿路结石行PCNL患者的临床资料进行回顾性分析。依据患者血红蛋白下降量将患者分为出血组、对照组。通过运用逻辑（logistic）回归分析选择出PCNL术中术后并发严重出血的独立风险因素,用纳入筛选出的独立危险因素建立列线图预测模型,然后对列线图模型的预测性及准确
目的:观察经皮椎间孔镜治疗复发性腰椎间盘突出症的临床疗效。方法:回顾性研究我院2017年5月至2019年12月收治的45例腰椎间盘突出症术后复发患者的相关临床数据,所有患者均给予经皮椎间孔镜手术治疗,记录患者的手术时间、术中出血量、住院费用及术后并发症发生等指标,利用视觉模拟评分（Visual Analogue Scale,VAS）、日本骨科协会评估治疗分数（Japanese Orthopaedi
目的:本课题旨在研究健康者及IgA肾病患者尿液外泌体中miR-21、miR-223、miR-374b相对表达量的差异性,以及IgA肾病患者尿液外泌体中miR-21、miR-223、miR-374b表达量与性别、年龄、血清白蛋白、血肌酐、血尿素氮、24小时尿蛋白排泄量、24小时尿微量白蛋白排泄量、肾小球滤过率、尿红细胞及病理严重程度的相关性,以探索判断IgA肾病病情的新标志物,为IgA肾病非创伤诊断
目的:研究初次全髋关节置换术（total hip arthroplasty,THA）后双下肢不等长（Leg length discrepancy,LLD）的影响因素;方法:本研究选取2018年12月～2020年12月这2年间在我院脊柱骨病外科行初次单侧全髋关节置换手术的174名患者为研究对象,其中全髋关节置换术后双下肢长度差≤5mm的129例（双下肢等长组）,双下肢长度差>5mm的45例（双下肢不
目的:脊柱椎间融合手术在治疗不同原因所致的腰椎退行性病变拥有悠长历史,目前脊柱融合术是治疗腰椎退行性病变所致腰痛的主要方法。而后路和经椎间孔腰椎椎间融合术（PLIF,TLIF）也一直作为标准术式沿用至今。随着脊柱内镜技术的发展及应用,为了减少与传统开放手术（PLIF,TLIF）相似并发症的出现,发展了新的微创TLIF（MIS-TLIF）。搜集相关文献研究,使用Meta分析的方式分析微创经椎间孔椎体
目的:调查并收集桂林医学院附属医院肾内科门诊行维持性血液透析（maintenance hemodialysis,MHD）患者的血常规并计算其中性粒细胞/淋巴细胞比值（Neutrophil/Lymphocyte Ratio,NLR）、血小板/淋巴细胞比值（Platelet/Lymphocyte Ratio,PLR）、淋巴细胞/单核细胞比值（Lymphocyte/Monocyte Ratio,LMR）
目的:研究代谢干扰物全氟辛烷磺酸（PFOS）对大鼠胰岛细胞瘤细胞凋亡以及分泌功能的影响。方法:体外培养大鼠胰岛细胞瘤细胞INS-1,实验中用不同终浓度的PFOS溶液分别为10、50、100、200、300、400μmol/L（处理组）和0.1%DMSO（对照组）来干预细胞,在24、48、72h后用细胞毒性CCK8检测试剂盒对INS-1细胞进行细胞增殖检测;采用细胞荧光染色技术观察100、200、3